在羊的生活过程中，疾病是多种多样的，根据发病的性质，一般分为传染病、寄生虫病和普通病3大类。
由病原微生物如细菌、病毒、支原体等引起的具有传染性的疾病为传染病。病原微生物是通过在动物体内生长繁殖，放出大量毒素或致病因子，损害动物机体，使动物发病，并通过动物的排泄物造成污染，使病流行。烈性传染病可造成大批死亡。
由寄生虫如蠕虫、蜘蛛昆虫、原虫等寄生于动物体内引起的疾病为寄生虫病。特点是有季节性和群发性。寄生虫对动物的危害主要是造成器官、组织的机械性损伤，夺取营养或产生毒素，使羊消瘦、贫血、营养不良、生产性能下降，严重者可导致死亡。
普通病包括内科疾病（如代谢病、中毒病）、外科病、产科病等。这类疾病是由于饲养管理不当、营养代谢失调等原因造成，特点是没有传染性，多为散发。中毒病可造成大批死亡。羊病防治必须坚持“预防为主”的方针。
首先做好羊生活区的消毒工作。用10%～20%的石灰乳和20%的漂白粉溶液，喷洒地面、墙、顶棚（每平方米1升液体）；对病羊尤其是怀疑感染病的羊进行隔离；对被其污染的环境、用具用4%氢氧化钠或10%克辽林溶液进行消毒处理。
其次是有计划地进行预防免疫。分疫苗免疫预防和药物预防。疫苗免疫预防可激发羊体产生特异性抵抗力，对某种传染病不易感染；药物预防是定时定量地在饲料或饮水中加入药物，是对某些没有疫苗的疾病进行预防的措施。常用的药物有磺胺类药，预防量0.1%～0.2%，治疗量0.2%～0.5%；硝基呋喃类药物，预防量0.01%～0.02%，治疗量0.03%～0.04%;一般连用5～7天，必要时也可酌情延长。
第三是定期驱虫，一般每年春秋两次药物驱虫。丙硫咪唑、阿维菌素都具有高效、低毒、广谱的优点，对常见的胃肠道线虫、肺线虫、片型吸虫均有效。可同时驱除混合感染的多种寄生虫。
羔羊痢疾是由大肠杆菌、沙门氏杆菌、产气荚膜梭菌、肠球菌，经消化道感染或经脐带和创伤感染而引起的，多发生于7日龄左右的初生羔羊。
1.症状精神沉郁，食欲废绝，拉恶臭的白色、黄色以至绿色稀水样粪便，迅速消瘦，眼窝下陷。口流泡沫，被毛粗乱，粪中带血，最后死亡。
2.预防加强管理，注意卫生，产前产后对圈舍彻底清理消毒，接羔时注意清洁。
3.治疗初病以清理肠道与杂菌消毒为主，先灌服6％硫酸镁溶液20~30毫升，经6～8小时后，灌服0.5％高锰酸钾溶液20～30毫升，第二天可再灌服一次。或用下列药物治疗。土霉素粉剂：按每千克体重10～15毫克，每日2次，连服用3日；土霉素针剂：10万单位，每日2次肌肉注射，连续3日；合霉素粉剂：每日0.5克口服，连服用3～5日；合霉素针剂：每次肌肉注射125毫克，每天2次，连用3~5日。另外，还可用青霉素、链霉素、磺胺脒治疗。
圈舍中之所以会“臭气熏天”，正是因为动物粪便被有害的细菌分解后产生氨气等难闻气体.可利用益富源微生物除臭剂对羊圈舍稀释喷洒，利用喷雾器对羊圈舍地面、墙壁、舍顶、排水沟进行彻底喷洒，30-50倍稀释，每隔7天左右喷洒一次。量大效果更明显。纯生物制剂不含任何抗生素，绝对无毒不起任何副作用。也可利用发酵床养羊，真正达到零排放无污染，即可降低成本又可预防肠道疾病。