从事养殖业时，在饲料中合理添加抗生素可预防治疗畜禽疫病，并可提高畜禽日增重量和饲料转化率，因此，在养殖业中使用抗生素的现象非常普遍。但有些地方的养殖户使用抗生素药时超出抗菌的范围，导致细菌产生抗药性，给畜禽疫病治疗带来了新的难度。
抗生素所产生的耐药性是一个全球性的问题。畜禽饲料中长期使用某一种抗生素后，不仅可以使病原菌的耐药性菌株数量增加，同时也可使正常菌株对该抗生素产生耐药性，影响药物的治疗效果。抗药性甚至可以向人体转移，影响人类疾病的控制。
动物长期使用抗生素，可直接对动物机体产生毒副作用，使免疫机能下降更易感染疾病，畜禽慢性病例增多，一些过去可以形成终生免疫的疾病也频频复发。抗生素在饲料中长期添加还可导致抗原质量降低，直接影响免疫功能，导致对免疫接种产生不良影响。
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