海洋经济为我国各个方面的建设做出了突出贡献。与此同时，经济的高速运行也给海洋带来了前所未有的压力，近海生态环境如今正面临着严峻的挑战。以渤海为例，在夏季的中央海盆，上层海水透明度只有4米，相比1980年代生态环境较好的时期减少了一半；底层含氧量总体呈逐年递减的趋势，部分区域已经接近形成所谓的“死亡区”。渤海中重要的经济渔业资源减少了近60种，一些主要渔场已经消失或不成规模。
近海生态系统框架示意图
二、富营养化治理
海水富营养化的问题，除了一部分源自海洋经济自身发展的压力，陆上的农业、畜养和城市运行等人类活动所产生的营养物质通过河流、地下水和大气沉降向海输入，才是最主要的根源。由于海洋食物链的传递速率快，过量营养盐输入或营养盐组成的改变皆容易迅速引起赤潮、绿潮、褐潮等有害藻华的暴发，也会导致底层缺氧乃至形成“死亡区”等更严重的后果。因此这方面的治理保护工作，最根本的工作方式就是做好陆海统筹以控制陆源的输入。科学界则应通过研究提出各海湾及主要海区营养盐输入的合理控制量，以供管理部门参照，让陆源营养盐向海排放量逐年递减，直至达到海洋自身所能承受的水平。
三、顶级鱼类种群恢复
顶级捕食鱼类既对整个近海生态系统有着下行控制功能，往往也有着重要的经济价值，因此面临着过度捕捞的威胁。它们往往有着复杂的生活史，产卵场、育幼场、索饵场分布在不同的栖息地，其中育幼场（幼鱼栖息地）对种群的延续尤为重要。我国已经通过传统增殖放流，以期帮助高营养级鱼类的种群恢复。但需要注意的是，由于我国近海生态环境退化严重，幼鱼的栖息地显著退化，增殖放流有时并不一定能发挥预期功能；最近还兴起投放人工鱼礁建设海洋牧场等手段，但这些措施并不是基于鱼类的生活史中的重要环节，因而海洋牧场的效益存在相当的不确定性。因此做好高营养级鱼类的种群恢复，主要在于不断优化捕捞管理的成效，减免过度捕捞对其的压力，同时保护和恢复其关键栖息地也同等重要。科学界还有必要加强对重要鱼类生活史的研究，尤其应当明确其幼鱼栖息地的分布。
四、滨海湿地的保护与修复
渤海1979至2010年围填海示意图；绿色为海水养殖、浅绿色为盐田、橙色为工业建设、红色为港口
滨海湿地对近海生态环境的重要性，可以类比于森林对陆地生态环境的作用。对于滨海湿地系统的保护和修复理应在法制层面提升能级，并尽早开始循序渐进的工作。由于海洋环流的动力性，海洋生物生活史中的重要栖息地往往分布在不同的海域，这些栖息地之间需要有很好的生态连通性，因而对于滨海湿地的保护和修复，应当注重维持其有关的生态连通性结构。