虽然我国的猪育种取得了相当大的成就，但也不可否认，国内种业水平与发达国家的差距还是客观存在的。例如：国外先进育种水平大白猪的达100kg体重日龄可以达到148天，比我国生猪核心育种场种猪快15天;国外先进育种水平的大白猪产仔数能达到15头，比我国生猪核心育种场种猪多2头。而种猪生产水平的差距也反映出我国的种猪育种还存在一些问题，具体如下：
1.育种体系不够完善。在我国的种猪育种体系方面，专业化的种猪公司还处于发展阶段，联合育种由于疫病、数据的可靠性、利益分配机制不畅等因素，进展缓慢。联合遗传评估由于条件还不够成熟，只能进行单个场评估，数据积累还比较少，遗传评估的准确性有待提高;遗传评估服务、技术推广服务效率还比较低。
2.新技术的应用滞后。国际上，上世纪80年代后期开始应用BLUP进行遗传评估，准确性提高了30%以上，也加快了遗传进展，特别是在繁殖性能的选择上发挥了重要作用，我国在实际大规模应用方面落后了十多年。2012年，国际上开始实际应用基因组选择，我国个别企业在2014年开始尝试。2017年全国畜牧总站开始组织专家、企业组建我国的猪基因组选择参考群，已经落后了国外5年。在表型自动化、智能化测定方面，我国虽然在技术上已走到国际前列，但是应用程度低，还没有对育种形成实际贡献。
3.测定基础薄弱。我国生猪育种传统上是表型选择，从生猪遗传改良计划实施之后，种猪测定才逐步重视和规范。总体而言，我国种猪测定基础非常薄弱，测定的数量少、性状少，中心测定站容纳能力有限，企业不能长期坚持测定。当前，我国种猪测定性状主要为总产仔数，达100Kg体重日龄和背膘厚。15万头的核心群，平均每年场内测定仅30余万头，测定量为核心群的2倍。5个省部级种猪测定站，每年测定量约为2000头。国际上种猪测定性状10多个，甚至更多，每年测定数量是核心群数量的7-10倍，单个中心测定站年测定量在3000-6000头。
4.育种投入少，持续性不强。动物育种投入大、风险高、见效慢。长期以来，企业投入动力不足。我国在动物育种上一直没有专项经费支持，虽然每年有现代种业提升工程，但这是基本建设项目，不能用于选育、测定、新技术的应用等，育种的科技项目最近五年也没有被列入国家计划。
5.疾病威胁严重。我国猪的疫病复杂，生物安全状况不佳，一些主要疾病还没有得到净化，疾病的反复感染和较差的健康状况也影响了育种效果的发挥，甚至使几年的育种工作前功尽弃。
6.地方猪资源的开发利用不足。我国地方资源丰富，肉质好、抗逆性好、耐粗饲，是生产特色猪肉的种源基础，但普遍存在生长缓慢、屠宰率偏低、背膘较厚、瘦肉率低等缺陷，需要选育或杂交利用，目前更多的重视杂交，对选育重视不够，遗传的稳定性、产品的一致性需要提高。