甲公司一直未对该块土地申报城镇土地使用税（以下简称“土地使用税”）。
究竟两种意见哪种才是正解？甲公司的这块土地需要分成出租期间和收回闲置期间两种情形讨论。
一：税法对直接农业生产用地免征土地使用税是如何规定的？
《城镇土地使用税暂行条例》（2019年）规定：单位和个人在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地，应当依法缴纳土地使用税。土地使用税以纳税人实际占用的土地面积，依照规定税额计算征收。同时规定“直接用于农、林、牧、渔业的生产用地”（以下简称“直接农业生产用地”）免缴土地使用税。
《财政部、国家税务总局关于城镇土地使用税若干具体问题的解释和暂行规定》（〔1988〕国税地字015号，以下简称“15号文”）第十一条规将“直接用于农、林、牧、渔业的生产用地”解释为“直接用于农、林、牧、渔业的生产用地，是指直接从事于种植、养殖、饲养的专业用地，不包括农副产品加工场地和生活、办公用地。”其中，重点强调了免税的土地必须是直接从事农业生产用地。
如何理解直接从事农业生产？税务总局1990年批复原辽宁省地税局《关于免征金州水貂场土地使用税问题的批复》（国税函发〔1990〕854号）明确，水貂场养水貂用地，属于“直接用于农、林、牧、渔业的生产用地”，免予征收土地使用税。由此可见，直接从事农业生产，是指农田、林地、牧场、养殖场、鱼塘等农林牧渔的作业用地，对于加工生产用地，以及生活、办公用地则不属于免税范围。
《国家税务总局关于调整房产税和土地使用税具体征税范围解释规定的通知》(国税发〔1999〕44号)规定,对农林牧渔业用地和农民居住用房屋及土地,不征收房产税和土地使用税。
二：在“非农业用地”上从事直接农业生产能免土地使用税吗？
按照《土地管理法》的规定，我国实行土地用途管制制度，将土地分为农用地、建设用地和未利用地。其中，农用地是指直接用于农业生产的土地，包括耕地、林地、草地、农田水利用地、养殖水面等；建设用地是指建造建筑物、构筑物的土地，包括城乡住宅和公共设施用地、工矿用地、交通水利设施用地、旅游用地、军事设施用地等；未利用地是指农用地和建设用地以外的土地。对照《土地使用税暂行条例》（2019年），土地使用税的征税范围应当为农用地和建设用地，实际缴纳税款的主要是建设用地。
《土地管理法》规定，使用土地的单位和个人必须严格按照土地利用总体规划确定的用途使用土地。禁止任何单位和个人闲置、荒芜耕地。已经办理审批手续的非农业建设占用耕地，一年以上未动工建设的，应当依法缴纳闲置费；连续二年未使用的，由县级以上人民政府依法无偿收回。一年内不用而又可以耕种并收获的，应当由原耕种该幅耕地的集体、个人或用地单位组织恢复耕种。《土地使用税暂行条例》（2019年）在设定对“直接用于农、林、牧、渔业的生产用地”免征土地使用税优惠时，并没有要求土地用途是《土地管理法》规定的“农用地”。
因此，直接农业生产用地免征土地使用税应当同时具备两个条件：
一是占用土地实际直接从事农、林、牧、渔业的生产；
二是占用土地用途应为“农用地”。
对占用土地用途为“建设用地”的，依法用于直接农业生产的，也可以参照《土地使用税暂行条例》，按照直接从事农业生产用地免征土地使用税。
2020年7月，国家税务总局浙江省税务局在《关于省十三届人大三次会议第39号建议的答复》中，明确答复，工业用地上从事农业生产的土地，只要是直接用于农、林、牧、渔业的生产的，可以免征土地使用税。
三：甲公司土地出租期间能否免征土地使用税？
对于甲公司将土地租赁给乙公司从事于采摘、观光农业生态旅游业务，能不能免征土地使用税，要重点解决两个问题，一是用于“采摘、观光农业生态旅游”是不是直接农业生产用地？二是企业出租的直接农业生产用地能不能享受免征优惠？
对于第一个问题，《财政部、国家税务总局关于房产税、城镇土地使用税有关政策的通知》（财税〔2006〕186号）明确规定，自2007年1月1日起，在城镇土地使用税征收范围内经营采摘、观光农业的单位和个人，其直接用于采摘、观光的种植、养殖、饲养的土地，是“直接用于农、林、牧、渔业的生产用地”。如果是纳税人自行使用，依据186号文件规定，应当免征城镇土地使用税。同时规定，利用林场土地兴建度假村等休闲娱乐场所的，其经营、办公和生活用地，不属于免征优惠范围，应按规定征收城镇土地使用税。因此，对于乙公司租用土地期间，从事采摘、观光农业生态旅游业务的土地，属于直接从事农业生产用地。
对于第二个问题，《土地使用税暂行条例》（2019）规定，使用土地的单位和个人为纳税人，15号文进一步明确为“土地使用税由拥有土地使用权的单位或个人缴纳”。判定纳税人是否“拥有土地使用权”，一般按照自然资源管理部门签发的《土地使用证》来证明权属。《土地使用税暂行条例》（2019年）在设定对“直接用于农、林、牧、渔业的生产用地”免征土地使用税优惠时，并没有规定纳税人一定是自行直接从事农业生产。
四：甲公司收回土地后闲置期间能否免征土地使用税？
这个问题比较棘手。
税务机关认为甲公司收回土地后，并没有继续从事采摘、观光农业生态旅游业务，也没有投入新的农业生产项目，现场一直荒废，应当参照企业范围内荒山、林地、湖泊等占地征免土地使用税。《财政部、国家税务总局关于企业范围内荒山、林地、湖泊等占地城镇土地使用税有关政策的通知》（财税〔2006〕1号）规定，企业范围内荒山、林地、湖泊等占地，自2016年1月1日起，全额征收城镇土地使用税。因此应当全额征收土地使用税。
但是，我们需要看到两个事实，一是甲公司该宗土地用途明确属于“农业综合性用地”；二是乙公司退租后，栽种的果树林木、挖掘的鱼塘仍然在自然生长，甲公司拥有所有权。尽管没人看管，但果树林木和鱼塘的自然生产的成果归属甲公司，甲公司拥有完全的处置权。因此，对于该宗土地事实上仍然处于直接从事农业生产的状况。
因此，甲公司收回该宗土地后，仍然符合税法规定的优惠条件，可以依法享受直接从事农业生产用地免征土地使用税优惠。税务机关认定不是直接农业生产用地的，需要另行举证证明。
五：甲公司在该土地纳税事项上存在哪些问题？
一是未按规定办理纳税申报。甲公司应当自2017年取得该宗土地时就应当进行纳税申报。《税收征管法》及其实施细则规定，纳税人必须依法办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。纳税人享受减税、免税待遇的，在减税、免税期间应当按照规定办理纳税申报。《城镇土地使用税管理指引》（税总发〔2016〕18号）明确规定，纳税人在城镇土地使用税纳税申报时，逐一申报全部土地的税源明细信息。要逐一申报全部土地的税源明细信息，税源明细信息发生变化的，进行变更申报。并在《城镇土地使用税房产税税源明细表》中设定了减免税部分土地信息采集。（下表为新《城镇土地使用税、房产税税源明细表》，国家税务总局公告2021年第9号印发）