人畜共患传染病是指人和牲畜间可相互传染的一些疾病。与食品有关的常是对人有传染性的一些牲畜疾病，如炭疽、布氏杆菌病、口蹄疫、猪传染病、水泡病等。结核病可因牛患牛型结核病而传染给人，也可因人患人型结核病而传染给牛，在食品卫生学范围内特别注意牛型结核病。此外，猪出血性败血症虽并不传染给人，但由于猪患此病时，肌肉和内脏中常出现沙门菌;食用此种猪肉时，如肉未经彻底煮熟，将沙门菌杀灭，则可引起人类沙门菌食物中毒。为了保证人体健康，预防通过肉类食品使人患人畜共患传染病，必需加强肉类食品卫生质量管理。常见的人畜共患传染病有：
炭疽炭疽是由炭疽杆菌所致的败血性传染病。病原体为炭疽杆菌，该菌55～58℃，10～15min即可死亡。一旦形成芽胞，需120～140℃干热3min或100℃流动蒸汽5min才能杀灭。在土壤中炭疽芽胞可存活15年以上。牛马患炭疽多为痈型，猪患炭疽大多呈局部型。患畜口腔粘膜发紫，颈部及前胸部浮肿，呼吸困难。患炭疽死亡之牲畜，其特征为尸僵不全，腹部剧烈鼓气，天然孔内含血性液体，血液凝固不全，呈暗黑色沥青样。凡疑为炭疽病畜，严禁盲目解剖，首先应进行细菌学检查，确诊为炭疽病畜，应整尸化制，或加石灰掩埋，绝对不能食用。
口蹄疫是由病毒引起的急性传染病。病畜粘膜、皮肤、特别是口腔，蹄叉中发生水泡疹。病毒对高温抵抗力较小，如加温至85℃、80℃、75℃、70℃时，可于3、15、或30min内失去致病力。该病毒对酸极为敏感，pH达6时，即丧失致病力。口蹄疫是偶蹄兽的传染病，家畜中牛、羊、猪最易感染，人亦能感染。口蹄疫病畜肉处理办法：①一般采用产酸无害化处理法(见后述“后熟”处理法);②对体温升高的病畜肉尸的肉、内脏以及头、蹄、肠及骨胳等应经高温处理后出厂。皮毛消毒后可出厂，病畜污染区可用2～3%烧碱水或3%福尔马林溶液进行消毒。
猪传染性水泡病是由病毒引起的接触性传染病，特征是在蹄、口腔和鼻端等处发生水泡，与口蹄疫相似。致病病毒耐酸不耐热，在pH3条件下3h不被破坏，但于60℃30min或80℃1min可使病毒破坏。-20℃冰冻保存时，病毒可存活540d。此病毒对牛、羊不感染，人类感染有报道。屠宰场发现病畜，应立即急宰。病畜肉、内脏以及头、蹄、血和骨胳等经高温处理后可出厂，毛皮经消毒后出厂。
布氏杆菌病是由布鲁氏杆菌属中的马尔他布氏杆菌、流产布氏杆菌或猪布氏杆菌所引起的一种人畜共患传染病。对家畜可使雌性动物引起流产和雄性动物发生睾丸炎。布氏杆菌对外界环境的抵抗力不强，煮沸立即死亡，2%烧碱液，或3～5%来苏尔液能将其杀死。凡患布氏杆菌病的家畜，宰前有症状或宰后发现病变者，其肉和内脏高温处理后可出厂，亦可腌制60d后出厂，但生殖器及乳房应作工业用或销毁，皮毛盐浸60d后出厂。凡宰前仅血清诊断阳性但无临床症状，宰后检验无病变的牲畜，其生殖器及乳房亦销毁或作工业用。公牛、阉牛和猪的肉尸与内脏可无限制出厂食用;母牛和羊的肉尸和内脏高温处理后出厂。母牛如已有布氏杆菌病的临床症状，则挤出之奶应立即煮沸消毒5min，不许生奶出厂。如只是布氏杆菌血清反应阳性，而无临床症状，则所挤出之奶须经巴氏消毒或煮沸消毒后出厂，或加工制成乳制品。患布氏杆菌病的羊，不许挤奶，因羊布氏杆菌病的致病菌，对人体引起的感染多较严重，必需严加管理。
结核病是由结核杆菌引起的人、牲畜和家禽的一种传染病。结核杆菌可分为人型、牛型和禽型。牛型结核主要侵害牛、人和猪;禽型主要侵害家禽，但鸭、鹅、鸽等均不敏感。患结核病家禽剖检时，可见内脏有许多突起的小结节，大小可如针尖或鸡蛋。白色或黄色，中心有坏死干酪物。病畜肉处理原则如下：①凡患全身性结核，可将病变部分割下，其余高温处理后出厂。肉尸消瘦者，销毁或作工业用;②畜尸淋巴结有结核病变者，割下病变部分，其余部分不受限制出厂;内脏和内脏淋巴结有病变时，内脏销毁，肉尸不受限制出厂;家禽如患骨结核，可将骨剔出，肉尸和内脏高温处理后出厂;肋膜、腹膜局部发现结核病变时，病变部位割下销毁，其余部分不受限制出厂。③牛患乳腺结核以及明显症状的牛所挤的奶禁止食用;如结核菌素反应阳性，但无临床症状，挤出的奶，经巴氏消毒后可食用。
无害化处理为了防止疾病传播和危害食用者的健康，凡病畜肉不能在市场上作鲜肉供应，必需通过无害化处理。常用无害化处理的方法有：①高温处理法：将肉切成厚度不超过8cm，重量不超过2kg，在1.5个大气压的密闭锅内经1～1.5h的高温处理，或于普通敞口锅内烧煮，使肉深部温度达到80℃。此时牛肉深处切面灰色，猪肉呈灰白色，无血色液体外流。②后熟处理法：亦称产酸法是利用动物在死后的成熟过程中，乳酸量形成和积累，使肉尸呈酸性以杀灭某些传染病病原体的方法。如患口蹄疫的肉尸于0～6℃下，经48h，或于6～10℃室温下经36h，即可产酸达到无害化目的。③盐腌处理法：用食盐腌制以消灭某些寄生虫和细菌的方法。囊虫病肉与布氏杆菌病畜肉的无害化处理时常采用。腌制时，肉块重量不应超过2.5kg，干腌用盐量为肉重的15%，温腌盐水的浓度为21～25%。
化制系将病畜肉尸经高压高温处理或用火焚化，以达杀灭病原体防止病传播的目的。我国目前采用的方法有以下几种：①湿化法：以湿化机来销毁畜尸，湿化机的化制原理是利用高压饱和蒸气，直接与畜尸组织接触，当蒸气遇到畜尸而凝结为水时，则放出大量热能，可使油脂熔化和蛋白质凝固，同时借助于高温与高压，可将病原体完全杀灭。②干化法：将废弃物放入化制机内受干热与压力的作用而达到化制目的，热蒸气不直接接触化制的肉尸，而循环于夹层中，化制机中的锅套压力达1103kPa(1601b/in2)，锅内压上升到138kPa(201b/in2)，保持20min。③焚化法：用火将畜尸焚毁。化制后的残渣可作肥料，副产品油脂可制肥皂，故有人将化制法称为炼制工业用油法。