（一）贯彻执行国家关于发展畜牧业的方针政策和法律、法规。拟订自治区畜牧业、饲料业、草原保护建设的政策、规划、计划并组织实施。
（二）承担提升自治区畜产品质量安全水平的责任。指导畜产品质量安全监测和畜产品检验检测体系建设工作。
（三）组织实施全区畜禽遗传资源、饲料资源和草原资源的普查、保护和开发利用工作。依法开展种畜禽遗传资源、牧草种子、兽药、饲料和饲料添加剂的许可及监督管理工作。
（四）指导全区畜牧业生产、抗灾保畜、防灾基地建设和对口扶贫开发工作。承担对自治区国有牧场及厅属各类企业的业务指导、服务及协调工作。
（五）指导自治区畜牧业结构和布局调整，组织标准化生产和规模饲养。指导自治区畜牧业社会化服务体系规划和建设。
（六）承担自治区草原监督管理工作。组织草原资源保护、合理开发利用和生态建设工作。指导草原鼠虫害防治和防火工作。推进牧民定居建设。
（七）指导全区畜牧业科学研究和新技术推广，组织协调畜牧业重大科技项目的联合攻关。组织协调自治区畜牧业对外经济技术合作项目、科技交流及技术引进等涉外工作。拟订畜牧业地方标准并组织监督实施。
（八）会同有关部门拟订自治区畜牧业农村人才队伍建设规划并组织实施。指导畜牧业职业技能开发工作。参与实施农村实用人才培训工程和农村劳动力转移就业培训工作。会同有关主管部门依法实施畜牧业农村人才专业技术资格和从业资格管理。
（九）负责自治区畜牧业各类资金的财务管理，并对资金使用情况及经济效益进行检查监督和绩效评价。负责全区畜牧业信息与市场调查工作。
（十）承办自治区人民政府交办的其他事项。
自治区畜牧厅机关行政编制为76名。其中：厅级领导职数5名（含纪检组长），总畜牧师1名，首席兽医官1名。处级领导职数23名（含机关党委专职副书记1名、离退休干部工作处领导职数2名）。
自治区纪委（监察厅）双派驻纪检监察机构行政编制另文下达。
根据上述职责，自治区畜牧厅设7个内设机构：
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担修志、信息、保密、信访、计划生育、安全保卫、社会治安综合治理和外事接待等工作；承担重大突发事件应急综合管理和行政审批综合办公有关工作；负责厅规定事项的督促检查。
（二）畜牧处
（三）草原处
（四）科教处
制定自治区科技兴牧计划并组织实施；承担重大畜牧科研课题和科技推广项目的管理工作；组织重大科研和技术推广项目的遴选、实施验收、鉴定成果申报和奖励；组织引进国外畜牧业先进技术；指导畜牧系统科技综合示范点的科技推广、技术市场及科技博览工作；拟订畜牧行业地方标准并监督执行；指导畜产品质量监督管理体系的建设；参与农村实用人才培训工程和农村劳动力转移就业培训工作。
（五）计划财务处
拟订自治区畜牧业中长期发展规划，编制年度计划；协调实施畜牧业生产、开发、建设计划；负责畜牧业各类资金的管理，并对资金使用情况及经济效益进行监督检查和绩效评价；指导畜牧业结构和布局调整；综合、提出畜牧行业基本建设项目；承担畜牧业统计工作；负责厅机关财务工作，指导监督厅属单位财务、国有资产、政府采购管理工作；组织开展内部审计。
（六）政策法规处
(七)组织人事处
负责厅机关及直属单位人事管理和机构编制工作；指导畜牧业职业技能开发工作；会同有关部门依法实施畜牧业农村人才专业技术资格和从业资格审核管理工作。
机关党委负责机关党群工作，指导厅属单位的党群工作。
监察室（与纪检组合署办公）为自治区纪委（监察厅）派驻机构，负责机关和直属单位的纪律检查和行政监察工作。
离退休干部工作处负责机关离退休干部工作，指导厅属单位离退休干部工作。
（一）取消已由自治区人民政府公布取消的行政审批事项。
（二）将权限内临时占用草原的审批许可下放给县市畜牧行政部门。
（三）将权限内核发兽药经营（不含生物制品）许可下放县市兽医行政部门。
（四）强化畜产品和畜牧业生产资料的质量安全监管职责，提升畜产品质量安全水平。