池塘和水库养殖要注意天气和水位变化，必要时采取加高堤坝等措施，防止因洪水漫堤造成损失或池外水的流入；网箱养殖要注意预防洪水冲击造成网箱被冲走、冲垮，可采取加固固定绳索和网箱框架等措施，及时清理浮游生物。开展抢险救灾时，特别要注意人身安全，生产人员要配备救生设施，生产过程中不可进行危险操作，遇到危险情况要及时撤离。涨水时要及时将网箱拉到水质好、避风浪、远离泄洪道的地方；退水时要及时将网箱移离岸边，防止搁浅；尽可能在泄洪道采取防护措施，如设置拦网等。
一是降雨前先将原池水排掉约1/3后立即加到最高水位；二是检查池塘周围是否有陆地雨水进入池塘的通道，防止大量雨水进入池塘；三是强降雨时及时打开上层排淡闸板和排淡管道，将表层低盐度水从上部溢出，保证池水上下层盐度基本一致，防止因上下层水比重不同造成的池水分层，使上层富氧水不能通过垂直对流传到底层，导致池底缺氧及氨氮、硫化氢、亚硝酸盐等有害物质含量增加。
正常情况下通过日常换水的方法可基本保证养殖水体溶氧量，但汛期建议采取以下增氧措施。
2.化学增氧。严重缺氧时还可投化学增氧剂救急。
对于损失轻微的水产养殖区，要对养殖设施、池塘堤坝、稻田养殖田埂等进行全面加固修复；对被淹没的池塘及稻田养殖区，水位一旦回落，要抓紧抢修养殖设施，为补放苗种做准备。对生产设施毁坏严重的养殖水体，首先判断养殖水体剩余水产品的数量，然后采取相应措施防止剩余养殖水产品的逃逸（如用2～3层拦网拦住养殖设施被毁坏的地方），洪水彻底退去后再进一步修复。对无法修复的要进行捕捞，达到上市规格的水产品及时上市销售，不够上市规格的转移到安全池塘或网箱中暂养，等水位回落后放养，减少受灾损失。对于池塘精养区，要及时整修进排水系统。与外河水位差较高的池塘，应回水减少水位差，防止逃鱼；其次要及时检查修补进排水口，防止渗漏，以防养殖品种再次逃逸。
认真做好受灾渔业水域剩余养殖品种调查，科学评估灾后养殖水域内现存养殖品种的数量，以便做好消毒免疫、苗种补放和后期的饲养管理。一般可采用拉网检查，或根据养殖品种对草料、饲料摄食量，估算养殖水域剩余水产品数量。对于养殖量的估算，可根据摄食情况来估算存塘量；每次投饲后2小时检查摄食情况，以基本吃完、略有剩余为宜，再根据投喂量的3～4％，推算出存塘量。苗种补放根据当地养殖习惯及苗种存量的实际情况灵活选择品种，可以通过回捕、调剂、秋季繁殖等方式解决苗种问题。在苗种补放过程中，一定要注意水产品苗种的质量问题，杜绝购进病苗、伤苗、弱质苗、假苗，最好由当地渔业推广部门的技术人员把好苗种的种质关和补放技术关，以免造成二次损失。
及时打捞死鱼，迅速进行无害化处理，切忌将死鱼随便乱扔。无害化处理措施包括：深埋、焚烧等，其中以生石灰消毒处理后再深埋1米以上较为常用，具体可参见行业标准《病死水生动物及病害水生动物产品无害化处理规程》（SC/T7015-2022）。强化渔业公共卫生与健康管理的意识，坚持对打捞死鱼的工具、器皿、人员进行消毒处理，防止疫病发生。坚持早晚巡塘，观察水质变化及养殖对象有无浮头、发病等现象，及时处理发现的问题。同时，因强降雨后的养殖环境突变，易造成养殖对象产生应激反应，抗病能力降低，要做好科学投饲，提高鱼体免疫力。此外，要加大水生动植物疾病测报和水生动物疫病监测力度，一旦发现疫情，应通过规定程序及时上报，做好应急处置。此外，要提前开展物资储备，做好养殖设施和房屋加固，避免突发灾害危及人身和财产安全。