在小型蘑菇种植中主要的风险是种植区内经常生成的怪物（和平模式除外），因为种植蘑菇需要低亮度的环境。这种风险可以用一些方法排除。一个简单的办法是在蘑菇的生长区域上方两个方块以上放置火把（有些时候是在天花板上凿个小洞）。另一个办法是把种植区的高度限制在一方块，并在走道上铺台阶。由于怪物无法在半格高度内生成，所以这可以减少危险。也可以使用一个流水装置将蘑菇从房间里带出并集中到一个地方，用漏斗自动收集。下界是一个安全的种植蘑菇的地方，因为那里的怪物不会在小空间里生成。
过去数个版本的更新让小型蘑菇种植变得更困难。在Java版1.13前，在地上挖个1x1x1的坑，倒上水，就可以让蘑菇长在坑里面。
每个游戏刻，所有的蘑菇都有1%的几率有以下行为：[需要测试]
注意第一个选定的方块可能是蘑菇本身、蘑菇下方的方块，以及其上部的方块。而检测机制仍会涉及这三个方块，从而进一步降低蘑菇的总体扩散速率。从这个算法中我们可以推断出如下信息：
巨型蘑菇最小生长条件。
注意巨型蘑菇仍然会尝试生长成一个比可利用的空间高的高度，失败并浪费一份骨粉。因此通常最好以最大可利用空间去种植（7×7×8），以便骨粉永不浪费。
携带版中，红蘑菇可以长到13米高。[需要测试]
这个方法需要繁殖哞菇并为其剪除蘑菇。修剪时会掉落5个对应颜色的蘑菇。当哞菇被闪电击中时，哞菇的颜色会在红色和棕色间转换，可由此获取两种颜色的蘑菇。
另一种方法是把种植区域压缩至只有一格高，并在所有供人行走的道路上铺上半砖，然后利用流水将生成的蘑菇聚集到一处，最后用火把照亮其余的地方。由于怪物不能生成在一格高的地方或半砖路面上，这样做可以尽可能地避免怪物生成。
下界是实现这种方法的理想场所，因为下界的怪物不会生成在小地方。用上述两种方法种植蘑菇会由于其缓慢的生长周期而十分低效。
将蘑菇“种子”种在中央的平台上，与“侧平台”相隔一方块，蘑菇将会传播到“侧平台”上，水流每天冲刷一次“侧平台”，将蘑菇送进漏斗，最后存进箱子。
中央平台可以最多种4个同种蘑菇。种更多的蘑菇虽然能增加传播速度，但也会更快达到上限。在视频中每种蘑菇种植了3个，这样效率最高。
一个阳光探测器电路一天发出两个脉冲，激活或收回发射器中的水桶，水流会冲刷“侧平台”约12秒，足够将新长出的蘑菇冲进漏斗。
如果农场由菌丝建成，那么可以不盖屋顶。
可以使用活塞建设一个简单的完全自动化的蘑菇农场。首先要建设一个高度为2格的房间，在这个房间的地上挖宽为2格的沟，放置水流，该水流的目的是为了将已经收获的蘑菇送出房间。蘑菇应该沿着这条水流的两岸种植，每隔一格留空。最后，将活塞面向水流放置在没有种植蘑菇的方块外侧。
若想增加效率可以依样扩建。这个系统可以使用高度仅为1格的房间，虽然布置的时候可能有点困难。
这个设计的原理是如果蘑菇下方的方块被换成玻璃，蘑菇就会掉落。活塞可以推动12个方块，如果间隔放置不透明方块和玻璃，任何生长在上面的蘑菇都会掉落。
基本设计是正中种植一列蘑菇，两侧各放置上述设置的一组活塞。当按下开关，信号先激活第一组系统，导致蘑菇掉落，信号延迟12刻（3个红石中继器）后激活第二组系统，收获剩余的作物。
这种设计通常在下界运用，因为此方法无需用水。它的好处是结构简单、材料易得。