一、收购后再养殖是否符合增值税免征规定？
那么，是否可以依据52号文件判定，收购后再养殖的水产品不适用增值税免征优惠呢？
又据，《国家税务总局关于实施农、林、牧、渔业项目企业所得税优惠问题的公告》（国家税务总局公告2011年第48号）第七条规定，“企业将购入的农、林、牧、渔产品，在自有或租用的场地进行育肥、育秧等再种植、养殖，经过一定的生长周期，使其生物形态发生变化，且并非由于本环节对农产品进行加工而明显增加了产品的使用价值的，可视为农产品的种植、养殖项目享受相应的税收优惠”。
但是，48号公告的适用在实务中至少有三个问题：
1、48号公告是关于实施企业所得税优惠的规定，“可视为农产品的种植、养殖项目享受相应的税收优惠”是否适用增值税，尚不明确。
2、如果适用，怎样判定“一定的生长周期”、“生物形态发生变化”、“明显增加了产品的使用价值”等要件的成立。48号公告要求，上述条件难以确定的，由企业提供县级以上农、林、牧、渔业政府主管部门的确认意见。然而，将确认权单方面交给渔业部门，其确认意见的技术性和权威性必将受到质疑。
3、如果不适用，那么在同一个养殖场地，既有繁殖自养的（增值税）免税产品，又有收购后再养殖的（增值税）应税产品，这种在水里养殖的“生物资产”，连实物盘点都是个难题，客观上更增加了税收征免划分的难度。
二、初加工的产品是否属于免税农产品范畴？
《财政部国家税务总局关于发布享受企业所得税优惠政策的农产品初加工范围（试行）的通知》（财税[2008]149号）中规定，水生动物初加工的范围是“将水产动物（鱼、虾、蟹、鳖、贝、棘皮类、软体类、腔肠类、两栖类、海兽类动物等）整体或去头、去鳞（皮、壳）、去内脏、去骨（刺）、擂溃或切块、切片，经冰鲜、冷冻、冷藏等保鲜防腐处理、包装等简单加工处理，制成的水产动物初制品”，“熟制的水产品和各类水产品的罐头以及调味烤制的水产食品不属于初加工范围”。
而财税[1995]52号文件关于水产品的注释：水产品是指人工放养和人工捕捞的鱼、虾、蟹、鳖、贝类、棘皮类、软体类、腔肠类、海兽类动物。本货物的征税范围包括鱼、虾、蟹、鳖、贝类、棘皮类、软体类、腔肠类、海兽类、鱼苗（卵）、虾苗、蟹苗、贝苗（秧），以及经冷冻、冷藏、盐渍等防腐处理和包装的水产品。干制的鱼、虾、蟹、贝类、棘皮类、软体类、腔肠类，如干鱼、干虾、干虾仁、干贝等，以及未加工成工艺品的贝壳、珍珠，也属于本货物的征税范围。熟制的水产品和各类水产品的罐头，不属于本货物的征税范围。
两个文件的根本区别是两个：
1、52号文件规定的是增值税，149号文件规定的是企业所得税。
2、52号文件规定的流程是“经冷冻、冷藏、盐渍等防腐处理和包装”或干制，而149号文件规定的流程增加了一个“去”和“切”的环节。
问题的核心是，149号文件规定的初制品是否归属52号文件规定的农产品。解读52号文件的精髓，“熟制的水产品和各类水产品的罐头，不属于本货物的征税范围”。也就是说，除熟制和罐头以外的经过初加工的生制品，应当纳入52号文件规定的水产品，享受增值税免征优惠。当然，这只是一种个人理解，要消除这种歧义，尚待财政部或者国家税务总局明文。
三、用于连续加工的免税农产品如何抵扣进项税额？
笔者欣喜地注意到，为了解决类似问题，调整和完善农产品抵扣机制，国家已经在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法（财税[2012]38号），但水产业不在其中。因此，建议水产养殖企业要审时度势，将养殖、初加工和深加工业务实行合理分离，分立企业，以期实现农产品进项税额充分、安全抵扣的效果，增加企业收益。
四、农产品减税、免税项目所得如何合理划分？
依据《企业所得税法》的规定，养殖项目减半征收企业所得税，而初加工项目则免征所得税。国家税务总局公告2011年第48号第五条（三）项要求，企业应合理划分不同项目的各项成本、费用支出，分别核算种植、养殖项目和初加工项目的所得，并各按适用的政策享受税收优惠。
又据，国家税务总局公告2011年第48号第八条规定，企业同时从事适用不同企业所得税政策规定项目的，应分别核算，单独计算优惠项目的计税依据及优惠数额；分别核算不清的，可由主管税务机关按照比例分摊法或其他合理方法进行核定。