（二）销售自产初级农产品及农业服务免征增值税
农民专业合作社，是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性法人经济组织。农民专业合作社以其成员为主要服务对象，提供农业生产资料的购买，农产品的销售、加工、运输、贮藏以及与农业生产经营有关的技术、信息等服务。农民专业合作社从事的非增值税免税范围的其他业务，必须按规定征收增值税。此外，对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。
“公司＋农户”经营模式从事牲畜、家禽的饲养，即公司与农户签订委托养殖合同，向农户提供畜禽苗、饲料、兽药及疫苗等(所有权仍属于公司)，农户将畜禽养大成为成品后交付公司回收。鉴于采取“公司＋农户”经营模式的企业，虽不直接从事畜禽的养殖，但系委托农户饲养，并承担诸如市场、管理、采购、销售等经营职责及绝大部分经营管理风险，公司和农户是劳务外包关系。该模式与企业自产农产品无本质区别，因此，比照农业生产者销售自产农产品，免征增值税。需要说明的是，以“公司+农户”经营模式增值税政策的适用范围应扩大到所有种植业、养殖业、林业、牧业、水产业，但需财政部、国家税务总局作进一步明确。
对农户而言，其接受委托提供服务取得收入暂无免征增值税优惠，但2017年12月31日前，对月销售额不超过3万元的增值税小规模纳税人，可适用小微企业（含个人）免征增值税优惠。
（三）销售非自产农产品增值税政策
单位或个人外购农产品对外批发或零售，以及外购农产品经过初加工、深加工后对外销售需缴纳增值税，其中一般纳税人适用税率11%或17%，小规模纳税人按简易征收办法适用征收率3%。下列情形免征增值税：
需要注意的是，享受上述免征增值税的蔬菜和鲜活肉蛋产品，应与其他增值税应税货物的分别核算销售额，未分别核算的，不得享受增值税免税政策。
（四）一般纳税人购进农产品进项税额抵扣办法
1.纳税人购进农产品,取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。
进项税额=买价/（1+税率）×税率
增值税一般纳税人取得农产品销售发票或开具收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。
营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品维持原扣除力度不变。
进项税额=买价×税率%
3.单位向非从事初级农产品生产的增值税小规模纳税人采购农产品，小规模纳税人按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的，若取得增值税普通发票，不能抵扣进项税额，若取得增值税专用发票，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额。
小规模纳税人月销售额不超过3万元（季度销售额不超过9万元），免征增值税，开具增值税普通发票，购买方不能进项抵扣，若小规模纳税人放弃免税，按3%征收率开具增值税专用发票，购买方可以按照专用发票注明的金额和11%的扣除率计算进项税额。
同样，营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品维持原抵扣力度不变。
进项税额=增值税专用发票上注明的金额×税率%=买价/（1+3%）×税率%
5.享受批发、零售蔬菜、部分鲜活肉蛋免征增值税的一般纳税人，外购蔬菜、鲜活肉蛋取得或开具的增值税发票、海关进口增值税专用缴款书，不得计算进项税额。纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
（五）纳税申报表填报注意事项
农产品适用税率由13%简并为11%后，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品维持原扣除力度不变，即可对取得的进项税额进行加计扣除。申报表填写规则如下：
1.购买方按照增值税专用发票上注明的税额抵扣进项税额时，将当期增值税额填报《增值税纳税申报表附列资料（表二）》第1-3栏，于生产领用当期按简并税率前的扣除率13%与11%之间的差额计算当期可加计扣除的农产品进项税额，填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》第8a栏“加计扣除农产品进项税额”“税额”栏，计算公式为：
加计扣除农产品进项税额=当期生产领用农产品已按11%税率（扣除率）抵扣税额÷11%×（简并税率前的扣除率13%-11%）
3.纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工17%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算其农产品进项税额。未分别核算的，统一以增值税专用发票（含从小规模纳税人取得的增值税专用发票）或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额，或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额，不得加计扣除。
4.适用增值税进项税额核定农产品扣除办法的，按公式计算得出的当期可以抵扣的进项税额，购买方填报《农产品核定扣除增值税进项税额计算表（汇总表）》等申报表后，将《汇总表》中“当期允许抵扣农产品增值税进项税额”合计数填入《增值税纳税申报表附列资料（表二）》第6栏“税额”栏，不填写第6栏“份数”和“金额”数据。
3.企业委托其他企业或个人从事上述项目取得的所得，或受托从事上述项目取得的所得，均可享受相应的减免企业所得税优惠。
4.依据规定，以“公司＋农户”经营模式从事农、林、牧、渔业项目生产的企业，可以享受上述减免企业所得税优惠政策。
5.企业将购入的农、林、牧、渔产品，在自有或租用的场地进行育肥、育秧等再种植、养殖，经过一定的生长周期，使其生物形态发生变化，且并非由于本环节对农产品进行加工而明显增加了产品的使用价值的，可视为农产品的种植、养殖项目享受相应的税收优惠。主管税务机关对企业进行农产品的再种植、养殖是否符合上述条件难以确定的，可要求企业提供县级以上农、林、牧、渔业政府主管部门的确认意见。
6.为保证免税项目的亏损额能够在当期扣除，企业从事上述农、林、牧、渔业项目取得的所得，在填写纳税申报表时，如果“免税所得”小于零，《企业所得税年度纳税申报表》A100000表第20行“所得减免”填零，如果“应税所得”减“免税所得”小于零，A100000表第23行“应纳税所得额”填零，无亏损结转以后年度。
甲公司（增值税一般纳税人）经营业务主要有：
（1）甲公司向农户、农业生产单位、农产品经销商采购各类蔬菜、水果、海鲜、新鲜的猪牛羊肉经过切割、洗净、包装后通过APP平台对外销售。
（2）甲公司与农户签订鸡鸭委托养殖合同，由甲公司提供禽苗、饲料、兽药及疫苗等，农户将鸡鸭养大后交付公司回收，公司向农户支付委托养殖报酬。甲公司将回收的鸡鸭宰杀、切块、包装后通过APP平台对外销售。
（3）外购毛茶，经筛分、风选、拣剔、拼配、匀堆等工序形成精制茶，通过APP平台对外销售。
（4）甲公司将购入的部分水果深加工制成蜜饯、果脯通过APP平台对外销售。
甲公司2017年9月发生下列业务：
1.购进业务
（1）甲公司向农户个人购买新鲜猪牛羊肉40万元、海鲜50万元、蔬菜23万元，合计113万元，均开具农产品收购发票；
（2）向农业生产单位购买鲜肉90万元，取得增值税普通发票；
（3）向农产品经销商购买各类新鲜水果200万元，其中，取得小规模纳税人代开的增值税专用发票80万元，金额77.67万元，税额2.33万元；取得一般纳税人开具的增值税专用发票120万元，金额108.11万元，税额11.89万元。购入前，公司无水果库存；向农产品经销商购买鲜肉50万元，取得一般纳税人开具免税的增值税普通发票。
2.销售业务
（1）销售猪牛羊鲜肉200万元、蔬菜100万元、水果100万元、海鲜300万元，合计取得含税销售额700万元；
（2）销售鸡鸭取得含税销售额100万元；
（3）领用鲜水果库存的50%制成蜜饯、果脯销售，取得含税销售额130万元；
（4）销售精制茶取得含税销售额70万元。
假设甲公司对于上述购销业务均分别核算明细，期初留抵税额为零，除此之外，甲公司本月未发生其他增值税业务税，甲公司本月增值税计算如下：
（1）当月采购发生的进项税额：
①向农民个人及农业生产单位购入鲜肉、蔬菜、用于批发零售免征增值税，故不得抵扣进项税。
向农户购买海鲜可以抵扣的进项税额=50×11%=5.50万元；
③甲公司购买水果取得农产品经销商（小规模纳税人）开具的增值税专用发票，可以抵扣的进项税额=80÷（1+3%）×11%=8.54万元；
④甲公司购买水果取得农产品经销商（一般纳税人）开具的增值税专用发票，可以抵扣的进项税额11.89万元；
⑤甲公司取得的农产品经销商开具的增值税免税发票不得抵扣进项税额；
⑥甲公司销售蜜饯、果脯适用17%的税率，其生产领用原材料抵扣的增值税进项税额可适用加计扣除：
加计扣除农产品进项税额=（8.54+11.89）÷11%×50%×（13%-11%）=1.86万元；
甲公司当月可抵扣进项税额合计=5.50+8.54+11.89+1.86=27.79万元。
（2）当月销售应计销项税额：
①销售鲜肉、蔬菜免征增值税；
销售水果、海鲜应计销项税额=（100+300）÷（1+11%）×11%=39.64万元；
②甲公司采取“公司+农户”委托农户饲养鸡鸭收回后初加工然后对外销售，视同农业生产者销售自产农产品，免征增值税。
③销售蜜饯、果脯应计销项税额=130÷（1+17%）×17%=18.89万元；
④销售精制茶应计销项税额=70÷（1+17%）×17%=10.17万元；
甲公司当月销项税额合计=39.64+18.89+10.17=68.70万元。
（3）甲公司当月应纳增值税=销项税额-进项税额=68.70-27.79=40.91万元。