对鸡群造成威胁的病原微生物大体上可分为四类：
病毒类：包括新城疫病毒，禽流感病毒，马立克氏病病毒，传染性法氏囊病病毒，传染性支气管炎病毒等；
细菌类：包括大肠杆菌，沙门氏菌，巴氏杆菌（可导致禽霍乱），副鸡嗜血杆菌（可导致传染性鼻炎），鸡毒支原体，滑液支原体等；
真菌类：包括曲霉菌，念珠菌等；
原虫类：包括鸡球虫，卡式住白细胞虫等。
消毒定义
消毒是指使用物理、化学或生物学的方法杀灭或清除病原微生物（病原体）的技术措施。在养鸡生产中，通过消毒能够减少鸡群接触到的病原微生物，从而达到预防与控制传染病的目的。消毒是一种防患于未然的做法，是真正体现预防为主的措施，消毒工作的好坏是衡量鸡场管理水平的重要指标。
鸡场中消毒措施主要有以下几个方面的应用：
进鸡之前对鸡舍进行消毒（终末消毒），包括以机械的方式清除上一批鸡留下的病原微生物，对鸡舍内外和设备进行消毒等；
养鸡生产中鸡场内的消毒（日常消毒），包括对鸡舍内外地面的消毒，对养殖设备的消毒，对饮用水的消毒和带鸡消毒等；
人员物品等进入鸡场或鸡舍前进行的消毒（隔离消毒），包括在鸡场门口的喷淋消毒，进入鸡场前的紫外线消毒和在鸡舍门口脚踏消毒盆消毒等；
废弃物消毒：包括对死鸡和废弃疫苗瓶的消毒等。
消毒药物按照化学性质分类
l酚类:甲酚、取代酚、氯代酚;
l酸类:乙酸、苯甲酸、羟基酸;
l碱类:烧碱、纯碱、生石灰;
l醛类:也称烷基化剂,甲醛、聚甲醛、戊二醛
l醇类:乙醇;
l氯释放剂:次氯酸盐,各种有机氯释放剂;
l碘制剂:碘酊、碘仿及各种不同载体的碘附;
l季铵盐:为阳离子表面活性剂;
l过氧化物:过氧乙酸、过氧化氢、二氧化氯、臭氧;
l两性表面活性剂;
l其它:重金属、双胍类等。
消毒剂的使用
化学消毒药的选择
1、福尔马林（甲醛溶液）
为无色带有刺激性和挥发性的液体，内含40％的甲醛，杀菌力强，1％～1.25％的福尔马林溶液在6～12小时能杀死细菌、芽孢及病毒，主要用于鸡舍、仓库、孵化室及设备消毒，还可用于雏鸡种蛋的消毒。生产中多用福尔马林与高锰酸钾按一定比例混合进行熏蒸消毒。鸡舍、孵化室熏蒸消毒用药量：每立方米房舍空间需福尔马林15～45毫升、高锰酸钾7.5～22.5克。根据房舍污染程度和用途不同，使用不同的药量。
2、氢氧化钠（火碱）
市售火碱含94％氢氧化钠。为白色固体，在空气中易潮解，有强烈腐蚀性。本品杀菌、杀病毒作用较强，常用于病毒性感染（如新城疫病）和细菌性感染（如禽霍乱）的消毒，对寄生虫有杀灭作用。2％～5％水溶液用于鸡舍、器具和运输车辆消毒。
3、生石灰
为白色或灰色块状物，主要成分是氧化钙。加水后放出大量热，变成氢氧化钙，以氢氧根离子起杀菌作用，钙离子也能使细菌蛋白变质。生石灰加水制成10％～20％乳剂用于鸡舍墙壁、运动场地面消毒，生石灰可在鸡舍地面撒布消毒，消毒作用可持续6小时。
4、漂白粉
5％的干粉或混悬液用于鸡舍地面、排泄物消毒，临用时配制，不能用于金属用具消毒。
5、过氧乙酸溶液
为无色透明溶液，呈弱酸性，易挥发，有刺激性气味，并带有醋酸味。杀菌作用快而强，抗菌谱广，对细菌、病毒、霉菌和芽孢均有效。0.04％～0.2％水溶液用于耐酸用具的浸泡消毒；0.1％～0.5％溶液用于畜禽体、鸡舍地面、用具消毒，也可用于密闭鸡舍的熏蒸消毒，每立方米空间用20％过氧乙酸溶液5～15毫升，稀释成3％～5％溶液，加热熏蒸，密闭门窗1～2小时。
6、季铵碘（碘伏）溶液
为碘制剂，无刺激性，1:900倍稀释，用于金属器具、车辆、环境、鸡喷雾等消毒。广泛用于细菌及病毒的消毒。
7、次氯酸钠
为含氯制剂，用于舍内器具、食槽、水槽消毒，也用于饮水消毒及带鸡喷雾消毒。
8、百毒杀
为双链季铵盐化合物，为暗棕色液体，可溶于水。对各种病毒、细菌具有较强的杀灭和抑制作用，可用于环境、鸡舍及用具、水槽、食槽以及饮水消毒、带鸡喷雾消毒。
9、高锰酸钾
为暗紫色结晶，易溶于水。杀菌能力较强，能凝固蛋白质和破坏菌体的代谢过程。生产中常利用高锰酸钾的氧化性能来加速福尔马林蒸发而进行空气消毒。0.05％～0.1％溶液用于鸡饮水消毒；0.2％～0.5％水溶液用于种蛋浸泡消毒；2％～5％水溶液用于饲养用具的洗涤消毒。
10、酒精
70％酒精常用于注射部位、术部、皮肤的涂擦消毒和外科器械的浸泡消毒。
11、碘酊
为碘与酒精混合配制的溶液，常用的有3％和5％两种。杀菌力强，能杀死细菌、病毒、霉菌、芽孢等。常用于注射部位、术部、皮肤、器械的涂擦消毒。