一般来说水域滩涂养殖证应该在渔业行政主管部门办理。
一、办理养殖证需要什么条件
1、国家对水产养殖海域和内陆水域实行养殖证制度。利用海域和内陆水域从事养殖生产活动的单位和个人，必须依法取得养殖证。
全民所有的海域和内陆水域依照《渔业法》和《土地管理法》的规定，确定海域和内陆水域养殖使用权；集体所有或者全民所有由农业集体经济组织使用的海域和内陆水域，依照《渔业法》、《土地管理法》和有关土地承包经营的规定，确定海域和内陆水域养殖承包经营权；
2、对已养海域和内陆水域，符合养殖规划并持有养殖证的，可简化审核程序予以换证。尚未领取养殖证应尽快审核补发。不符合养殖规划但已持有养殖证的，限期予以调整。无证使用海域和内陆水域从事养殖生产的，县级以上地方人民政府渔业主管部门应当进行登记，限期拆除养殖设施。
3、使用海域和内陆水域从事养殖生产活动的单位和个人应当向县级以上地方人民政府渔业行政主管部门提出申请。
二、附件水域滩涂养殖许可证发放管理办法
发放程序
提出申请调查踏勘审查报批发证收费归档保存使用期限审核
1.提出申请：需要使用水域滩涂从事水产养殖的单位或个人,应向当地县级渔业行政主管部门提出申请,如实填写养殖使用权申请表.同时按要求提交水域滩涂开发使用情况证明材料以及水域滩涂界至图.
申请须提交采用1号或2号图纸绘制的水域滩涂界至图一式二份及按比例缩小成标准A3纸（42cm×29.7cm）的界至图一式三份.界至图应标明四至坐标、地物、图例及各折点坐标.
养殖水域滩涂界至图需由绘图员、审核员签名,加盖渔业行政主管部门认可的测绘单位公章.
2.调查踏勘：县渔业行政主管部门应根据申请者填写的申请,会同当地村委、管区办事处、乡（镇）人民政府进行现场踏勘,确认标界,核实有关材料.
3.审查报批：县渔业行政主管部门根据调查踏勘情况,认
真审查,确认所申请养殖场地权属无争议纠纷,并符合市和当地水产养殖发展规划和容量控制要求的,填写养殖使用权审批表,加具意见后,按审批权限逐级上报政府批准,由县级渔业行政主管部门负责填发养殖使用证（未设立县级渔业行政主管部门的,由市渔业行政主管部门填发养殖证）.
水域滩涂使用申请应在二个月内给予答复,对不予受理或批准的申请,应说明理由.
4.发证收费：按国家或地方政府有关规定执行.
5.归档保存：由发证机关收集有关文件、图片和资料编号
填写档案卡归档保存.
6.使用期限审核：发证机关应在水域滩涂使用期满前六十天内通知使用者办理使用期延展手续或由发证机关按期注销其养殖使用证。
三、牛蛙养殖要办哪些证件
一、从事养殖生产的，应当向县级以上地方人民政府渔业行政主管部门提出申请，并提交以下材料：
1、养殖证申请表；
3、依法应当提交的其他证明材料。
二、县级以上地方人民政府渔业行政主管部门应当在受理后15个工作日内对申请材料进行书面审查和实地核查。符合规定的，应当将申请在水域、滩涂所在地进行公示，公示期为10日；不符合规定的，书面通知申请人。
三、公示期满后，符合下列条件的，县级以上地方人民政府渔业行政主管部门应当报请同级人民政府核发养殖证，并将养殖证载明事项载入登记簿：