当猪舍内部有害细菌数量过多或占主导地位时，则会给猪只健康造成严重危害，并对环境造成极大破坏。相反，如果猪舍内部有害微生物数量小，或以有益菌占主导，则有利于猪群的健康水平。维持良好的猪舍微生态环境对于猪群健康具有十分重要的作用。
那么如何从源头上做好生物安全，保持猪舍良好的微生态环境呢？需要定期补充益生菌，同时在栏舍设计、日常管理、病畜隔离等多个方面采取综合措施。
定期对猪舍内环境补充有益微生物
要想保持猪舍中有益微生物占主导，则需要在消毒结束后，待消毒药剂作用消失后及时地喷洒一些微生态制剂。这些补充的有益微生物能够在猪舍内部快速繁殖，竞争性的抑制有害微生物的生长，从而使整栋猪舍形成一个优良的微生态环境平衡。人工筛选的益生菌一般对动物没有明显的致病性，而且能够促进动物的生长，定期的使用有益微生物主要从以下几个方面来抑制有害的微生物：1.1快速分解和利用粪污中的营养物质
经人工科学筛选的益生菌一般生长速度快，营养利用能力强，可快速分解和利用粪污中的营养物质，通过营养性竞争机制抑制有害微生物的生长。
1.2分泌抗菌类物质
益生菌在生长过程中能够大量的分泌抗菌类物质（抗菌肽），杀灭或抑制有害微生物的生长，从而减少了环境中有害微生物的数量。长沙绿叶生物科技有限公司利用枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等多种益生菌和高品质蒙脱石等组合制成猪舍环境微生态改良剂——“护舍安”，施用效果表明能够显著的增加猪舍内部的益生菌的数量，抑制有害细菌的数量。实验室的检测结果也表明：利用这些益生菌的培养液进行牛津杯抑菌试验，结果显示其具有优良的抑菌效果，“护舍安”对大肠杆菌和金色葡萄球菌的抑制效果见图1。
1.3改善猪胃肠道的微生态环境
施用的这些微生物在环境中能发生增殖，并随着动物的采食活动进入到消化道，可以改善胃肠道的微生态环境的作用，有利于降低腹泻率，促进动物生长的作用。“护舍安”应用在仔猪接生时，把其干粉涂抹在初生仔猪体表，不仅对仔猪体表起到干燥和保温效果，其所富含的益生菌和蒙脱石还能通过仔猪舔食进入胃肠道，有利于改善初生仔猪肠道微生态环境。一周一次喷洒“护舍安”，同样可以改善胃肠道微生态环境，有益于稳定猪群健康水平。
保持猪舍内部干燥
俗话说“养猪无巧，栏干食饱”。其中的栏干就是指栏舍干燥。微生物在环境中生长繁殖的首要因素就是合适的水分，干燥的栏舍能够有效抑制微生物的生长，显著降低猪舍内部的病原菌数量，从而有效降低猪群的感染率。虽然我国古时候就对猪舍潮湿在发病中的作用引起了重视，但是如何保持猪舍干燥到目前仍是猪场需要解决的问题。猪舍潮湿的主要原因是猪群粪便、尿液、饮水、呼吸以及冲栏等多方面的因素。如何保持猪舍干燥很难通过一个简单的措施来得以实现，可采取以下措施。
2.1用防溅水饮水设备
避免采用目前常见的鸭嘴式自动饮水器。猪场推荐采用饮水碗或气压水位阀为猪群提供饮水，防止普通鸭嘴式饮水器造成水花飞溅。
2.2采用免冲栏技术
避免采用全实心地面设计思路，全实心地板不仅人工清粪工作量大，而且粪便尿液容易使猪舍潮湿，工人采用大量的水冲洗栏舍，造成猪舍潮湿。
2.3提高通风量和通风效率
及时清除猪舍内粪污
猪舍粪污中不仅含有大量的有害微生物，而且粪污本身就是许多有害微生物的天然良好培养基，很多有害微生物能够利用这些培养基快速繁殖。以大肠杆菌为例，在营养条件完全满足繁殖所需的条件下，大肠杆菌能够以每15～20min的速度进行下一代的繁殖，如果按每20min繁殖一代计算，在一天24h内，理论上1个大肠杆菌可以增殖形成1×272个大肠杆菌。
栏舍地面积蓄过多的粪便不仅造成大量的病原菌生长繁殖，而且也会严重影响消毒剂的消毒效果。猪群不断地通过肛门、呼吸道、口腔、眼睛等部位释放大量病原体进入猪舍内部，采用常规的带猪消毒措施只能在短期内降低猪舍内部的微生物数量。这一过程是不可持续的，微生物会迅速通过动物排放及自身的增殖恢复到消毒前的数量。可见，减少猪舍内部有害微生物的最有效方法之一就是清除猪舍内部的粪污。
良好的猪舍地面设计
4.1避免采用全实心地板设计
全实心地面不仅造成清粪工作量大，而且工作效率低下，猪舍内部粪污含量显著增加。我国目前很多育肥场多采用全实心地面设计，一个饲养员仅仅只能饲养300头左右的肥猪，而且猪舍内部猪粪尿难以清除，污浊不堪，采用科学的漏粪地板设计，一个员工可以轻松的饲养数千头育肥猪。
4.2优先采用半漏粪地板设计工艺
虽然全漏粪地板能够显著地提高漏粪效果，保持栏舍内地面粪污的含量处于一个很低的水平，但是建造成本较高，空气质量控制和粪污处理难度大，推荐采用半漏粪地板类型，其中漏粪地板面积与猪群躺卧区比例控制在2∶1左右。栏舍的长宽比例控制在1.5∶1～2∶1左右，有利于形成猪的定点排粪尿习惯。
4.3加强漏粪板漏粪效果
由于目前的漏粪板缝隙宽度过宽容易损伤猪蹄，过窄则影响漏粪效果，因此需要对漏粪板的漏粪效率进行优化，主要方法是在猪排粪尿较多的墙角等地方采用漏粪效果好的金属漏粪板，或者适当增加靠墙角漏粪板的缝隙宽度，其他地方不变，通过这样的方法来提高漏粪效果，降低对猪群的蹄部影响。
严格控制外来微生物进入猪场
外来病原微生物一旦进入猪场，将难以清除。为了降低外来病原体的风险，猪场大门入口处必须做好严格的卫生消毒及隔离措施，运猪车辆坚决不允许入场，外来人员需要经过严格的更衣、消毒后方可进入猪场。引进猪群必须经过严格的隔离和同化处理，人员进出猪场需要进行严格的消毒、沐浴、更衣等程序，防止外来烈性传染性病原体进入猪场。
定期的环境消毒工作
为了有效降低猪舍内部有害微生物的数量，必须采用高效的消毒剂定期对猪场内部的道路及猪舍内部进行消毒工作。一些猪场专门在猪舍内部安装了消毒管道和喷头，连接上高压清洗机，能够非常方便地对整栋猪舍进行全面的带猪消毒操作。需要注意的是，猪群带猪消毒的前提是猪舍内部要干燥和干净。很多猪场人员在带猪消毒时，猪舍内部粪污特别多，这样的消毒是没有任何意义的。因为过多的粪污会完全抵消消毒效果，一个稳定而健康的猪群，可以适当降低带猪消毒的频率。
采用全进全出的生产制度安排
对于保育舍和产房，如果不能做到全进全出，则无法做到彻底的清洗和消毒处理，栏舍连续运行，有害微生物无法彻底清除，猪舍内部有害微生物数量和种类逐渐积聚增多，造成猪的条件性致病菌高发，如仔猪黄白痢，葡萄球菌、副猪嗜血杆菌病，副伤寒等疫病高发。因此在设计猪场时，对于产房和保育舍最好采用单元式设计，并且在猪场的后续运行过程中，严格执行全进全出制度，并进行彻底的清洗—消毒—干燥程序。
建立病猪隔离舍和引进种猪隔离舍
建立病猪隔离舍能够有效减少患病猪只的病原体在猪场内扩散，及时发现并隔离患病猪只，能够有效避免感染其他健康猪群，而且隔离后的猪群消毒和护理方便，避免其他健康猪群的干扰，更有利于康复。种猪隔离舍则有利于降低引进猪群带来病原体入侵风险。
定期监控猪场微生态环境，及时采取措施
每天到猪舍两个动作：一是“闻”，闻闻猪舍臭不臭，特别是早上。二是“看”，看看猪舍潮不潮，特别是猪群的睡卧区和采食区。两个动作做完，如果发现猪舍又臭又潮，建议你不要再犹豫，快去喷洒“护舍安”。
猪舍内部的微生态平衡虽然难以察觉，事实上对于减低猪舍内部有害微生物数量，提高猪群的整体健康水平，降低猪群的病死率具有十分重要的作用。广大养殖场主在思想上要引起足够的重视，并采取科学有效的综合措施。