在污水厂中，二沉池起到非常重要的泥水分离作用，二沉池的稳定运行也是污水水质达标的前提和保障，但是在日常运行中，二沉池也存在很多容易诱发故障的问题的运行细节，为了避免这些细节问题，在实际的运行中也需要进行一些小的细节上的改造，使二沉池更加稳定的运行。
首先是二沉池的行走轮的轨道部分，在北方污水厂，冬季下雪造成轨道部分有积雪，一般的运行人员会提前撒盐等进行融雪，保证轨道不积雪成冰，避免刮吸泥机行走打滑，但是工业盐对硅酸盐水泥的侵蚀作用很明显，在一些不平坦的位置大量工业盐积存，逐步会将轨道上的水泥腐蚀成一个个浅坑，二沉池的刮泥机每日不停的运行，刮吸泥机的不断碾压轨道，最终会使这些浅坑变深变大，导致二沉池刮泥机的行走轮深陷进去，深陷后的刮泥机在某一个区域不能推动底部的污泥进入集泥坑内，或者不能全面的将底部的淤泥吸取，造成外回流无法及时回到生物池内，导致生物处理能力下降。除了这种后期人为的轨道侵蚀问题之外，还有建设期间的土建施工质量差，导致二沉池轨道表面不平坦，造成刮泥机行走受力不均衡，继而产生碾压磨损造成刮泥机行走轨道出现异常等。
为了避免这种因轨道质量或人为造成的轨道损坏，一般可以考虑采用钢板焊制成池边轨道，钢板的硬度远远高于水泥抹面，同时也能很好的抵御工业盐的侵蚀作用，在日常碾压中不会造成钢板局部缺失造成行走轮深陷的情况发生。在一些污水厂改造后的使用情况看，对轨道部分的钢板改造可以避免轨道破损对二沉池刮泥机的行走影响。
再者对二沉池的改造是出水堰槽内的藻类滋生问题，二沉池池面较大，周边出水槽内的水常年不断地流动，在从出水槽的内外三角堰跌落进出水槽内的时候，出水槽池壁的粗糙程度，常年的阳光照射，适宜的水温等环境因素合适的时候，会使二沉池出水槽内滋生藻类，严重时会将整个出水槽内覆盖上一层藻类的生物膜。从生物生长所需的营养来看，这部分藻类其实起到了进一步处理污水中氮磷的作用，但是大量滋生后，影响出水的感官，造成出水水质恶化的错觉，同时从出水槽内脱落的藻类又会造成后续出水水质的恶化。因此在很多污水厂都采取人工刷洗或者机械刷洗的方式对二沉池出水槽进行清理。
人工和机械刷洗都存在一定的问题，人工刷洗，工作量大，存在一定的工作风险，机械刷洗要定期更换清洗转刷，也产生一定的费用。在一些污水厂采用了高压水冲洗的方式进行藻类的去除，通过安放在二沉池内的高压水泵，提升二沉池内上清液，将水加压后，喷射到二沉池出水槽内，可以将初期滋生的藻类清洗下来，保持出水槽的清洁。如果能在出水槽内贴瓷砖，保持出水槽表面的光滑，滋生的藻类会更容易被清理下来。
二沉池和生化池共同构成生物处理阶段，这个阶段中大量的活性污泥起到污水处理的作用，这些大量的活性污泥需要进行合理的管理，保持应有的活性，同时也要保持适当的污泥龄，但是在很多污水厂对污泥龄的控制往往不能做到很好，有时需要为了抵消环境影响，必须进行过长污泥龄的控制，这个期间就会有污泥老化的情况出现，伴随的比较常见的就是污泥膨胀和污泥泡沫的问题，这些问题都是污水厂运行过程中长期存在的问题。这些问题中的污泥老化的泡沫，会对二沉池的运行造成很大的影响，就是在二沉池表面形成堆积泡沫，造成非常难看的二沉池表面。
这种情况在很多污水厂都采取了各种不同的方式进行处理，有些在二沉池中心配水筒的位置增加大功率风机，对二沉池表面进行吹扫，避免老化污泥堆积连成片;还有的将二沉池出水槽内侧的浮渣挡板拆除，让这部分表面浮泥随水流入到下一个处理构筑物内进行处理;还有的对浮渣井进行改造，将浮渣井改造成低于二沉池出水液面，让表面浮泥随水从浮渣井回到进水口的泵房集水井内;在刮泥机的两臂上增加喷淋装置，将表面浮泥通过喷水方式击碎重新沉入水中等等。这些都很好的从现象上解决了二沉池表面的浮泥情况，但是对活性污泥更加精准的管控，控制合理的活性污泥的污泥龄，才是从根本上改善二沉池表面浮泥的方法。但是作为厂内的一些小型的技改项目，这些是可以进行的，也能从细节上改善二沉池表面的浮泥情况。
二沉池在实际的运行中，还有很多污水厂在不断地进行着细节方面的改进工作，比如周进周出二沉池进水槽内的刮泥装置，中心传动部位的集电环的保护装置，行走轮前端增加的清扫积雪的装置等等，这些细节改进，使二沉池的运行得到了一定的改进，保证了整体工艺运行的稳定性，稳定了出水达标。