与此前有关政策性搬迁所得税问题的几个文件比较，国家税务总局《关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》(国家税务总局2013年第11号公告，以下简称11号公告)在“搬迁中购置资产支出是否可以从搬迁收入中扣除，以搬迁收入购置资产的折旧、摊销可否税前扣除”两方面作出了新的规定。
11号公告下发以前，企业搬迁所得税政策主要经历了以下几个过程的变化：
(2)搬迁企业利用政策性搬迁收入购置的固定资产，可以安照现行税收规定计提折旧或摊销，并在企业所得税税前扣除。2008年《企业所得税法》实施后，财税[2007]61号在现行税法框架下失效。
2、国家税务总局《关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》(国税函[2009]118号，以下简称国税函[2009]118号)，基本沿用财税[2007]61号的规定，其中关于固定资产购置支出的扣除及其提取折旧、摊销的规定，基本上与财税[2007]61号的表述完全一致。
3、国家税务关于《关于发布企业政策性搬迁所得税管理办法的公告》(国家税务总局公告第40号，以下简称40号公告)，对财税[2007]61号和国税函[2009]118号中有关购置资产扣除作了实质性变更，规定“企业发生的购置资产支出，不得从搬迁收入中扣除”。40号公告明确，国税函[2009]118号失效。
40号公告下发后，由于搬迁过程中购置土地、厂房、办公楼等是搬迁支出的大项，由原来允许从收入中扣除改为不允许从收入中扣除，使得企业搬迁所得突然大幅增加，引发搬迁企业产生强烈质疑。
11号公告对40号公告有关购置资产在收入中扣除的规定作了适度的调整。11号公告规定：
(2)11号公告自10月1日起执行，凡在40号公告生效后签订搬迁协议的政策性搬迁项目，应当按照40号公告有关规定执行。
(二)先纳税后扣除与先扣除后纳税涉及所得税的利弊分析
所谓先纳税后扣除，是指按40号公告的规定，搬迁时购置资产支出不从搬迁收入中扣除，按照搬迁收入扣除其他搬迁支出后的余额作为搬迁所得纳税，购置的资产计提折旧、摊销时，再按正常情况下的折旧费、摊销费在税前扣除。
所谓先扣除后纳税，是指按11号公告的规定：
(1)搬迁中购置的各类资产作为搬迁支出从搬迁收入中扣除，从而使被扣除的这部分收入暂不缴纳所得税;
(2)对搬迁中购置的各类资产，按照剔除已扣除搬迁收入后的余值作为该资产的计税基础，据以计算税收上的折旧或摊销。如果购置的某项资产支出已全额从搬迁收入中扣除，则该资产的计税基础为0，计税时应按会计上计提的折旧或摊销，调增应纳税所得额(以下简称应税所得或所得额)纳税。
采用先纳税后扣除方法时，应因为购置资产支出未扣除而多缴所得税500万元(2000×25%)。
采用先扣除后纳税方法时，按年利率9%的年金计算，房产20年、土地50年所提折旧、摊销调增所得应缴税款现值为180.78万元，比先纳税后扣除时节约所得税(现值)319.22万元(500-180.78)。
(一)执行《企业会计准则》、《小企业会计准则》的单位
1、《企业会计准则解释第3号》(财会[2009]8号)规定：企业收到政策性搬迁补偿款，作为专项应付款处理，其中属于对搬迁损失、搬迁费用补偿，以及搬迁中购置资产补贴的，应自专项应付款转入递延收益，以后按《企业会计准则第16号——政府补助》进行会计处理，使用后如有结余，应当作为资本公积处理。
2、《企业会计准则第16号——政府补助》规定：企业收到政府补助：
(2)用于即将发生的费用支出的，先将收入记入递延收益，待费用实际支出时，再从递延收益转入当期营业外收入;
(二)执行《企业会计制度》的单位
《企业会计制度》中对搬迁收入的会计处理未作规范。因此执行《企业会计制度》的单位，应执行财政部《关于企业收到政府拨给的搬迁补偿款有关财务处理问题的通知》(财企[2005]123号)的规定：
(1)企业收到政府拨付的搬迁补助款，应记入专项应付款;
(2)企业发生的搬迁停工损失、搬迁费用、安置职工费用、因搬迁而被征收资产的核销、设备拆除、重新安装调试的费用损失等，直接核销专项应付款;
(3)搬迁完成，专项应付款如有余额，转入资本公积;专项应付款如有不足，应计入当期损益(营业外支出)。
三、企业搬迁的账务处理
1、收到搬迁补偿款，借记“银行存款”科目，贷记“专项应付款”科目，然后按照预算或追加预算的计划用款额，借记“专项应付款”科目，贷记“递延收益”科目。
(1)按开支或应转销资产成本等，借记“营业外支出——搬迁费用支出、搬迁资产处置支出”(以下省略明细科目)、“累计折旧”、“累计摊销”等科目，贷记“银行存款”、“应付职工薪酬”、“固定资产”、“无形资产”等科目;
(2)同时，按照以上计入营业外支出的金额，借记“递延收益”科目，贷记“营业外收入”科目;
(3)对于收到拨款前已开支并已确认支出的搬迁费用，则直接借记“递延收益”科目，贷记“营业外收入”科目。
3、搬迁清算时已从搬迁收入中扣除购置支出的资产，应在各该资产折旧、摊销或处置时，按折旧、摊销或处置(含材料耗用、商品出售，下同)时计入损益或成本的金额，或与上述事项同步的应确认搬迁收入的金额，借记“递延收益”科目，贷记“营业外收入”科目。
搬迁时发生的经济事项，还涉及搬迁资产变卖、拆除和固定资产修理等业务，搬迁企业应当按照有关准则、制度的规定进行账务处理。另外，执行《企业会计准则》的单位，还应按会计与税收的暂时性差异确认和转回递延所得税。
1、收到搬迁补偿款，借记“银行存款”等科目，贷记“专项应付款”科目。
4、发生资产置换，账务处理与执行《企业会计准则》的单位相同。
四、涉及搬迁损益的纳税调整
(一)《企业政策性搬迁清算损益表》
该表正表部分分三大段：
第一段“搬迁收入”，包括7个行次：
1、对征用资产价值的补偿;
2、因搬迁、安置而给予的补偿;
3、对停产停业形成的损失而给予的补偿;
4、资产搬迁过程中遭到毁损而取得的保险赔款;
5、搬迁资产处置收入;
6、其他搬迁收入;7.搬迁收入合计。
第二段“搬迁支出”，也是7个行次，分别为：
8、安置职工实际发生的费用;
10、临时存放搬迁资产而发生的费用;
11、各类资产搬迁安装费用;
12、资产处置支出;
13、其他搬迁支出;
14、搬迁支出合计。
第三段只有一行，即第15行“搬迁所得(或损失)”，该行应填报第7行与第14行的差额。
(二)搬迁所得税纳税调整的原则
企业搬迁，采用先扣除后纳税方式时，应填报附表九、附表三并应遵循如下原则：
(1)凡会计上确认的搬迁收入、搬迁支出或搬迁损益，均应通过纳税调整将其转回(冲回);
(2)税收上涉及搬迁收入、搬迁支出、搬迁所得(或损失)的事项，除《搬迁清算损益表》“搬迁所得(或损失)”金额应过入附表三第19行第2、3列或第40行第2、4列外，其他项目“税收金额”皆应以0计入。
(三)附表九的填报
(1)第1、3、5、7列分别填报按会计准则规定确认或计算的数额(或年限)，第2、4、6列填0(如果购置资产支出在清算时没有全额从搬迁收入中扣除，则按照剔除搬迁收入后的余值，作为计税基础填报在第2列并相应计算6、7列金额，下同);
(2)将附表九第2至6行除第3、4列外的各列金额相加，填入该表第1行各列;
(3)将附表九第1行第7列金额和第15行第7列金额，分别过入附表三的第43、46行的第3列。
(四)附表三的填报
1、从搬迁开始至搬迁完成的前一年：
(1)每年应将当年确认的搬迁补偿收入(指计入营业外收入的金额，下同)，填报在附表三第11行，其中：第1、4列填报当年会计上确认的补偿收入，第2列填0;
(2)当年发生并在会计上计入当期损益的搬迁费用支出或损失，应填报在附表三第40行，其中：第1、3列填报计入当期损益的该类费用支出，第2列填0。
2、搬迁完成并进行搬迁损益清算的当年：
(1)附表三第11行第1、4列填报当年会计上确认的补偿收入，第2列填0;
(2)同时，应将当年会计上计入损益的搬迁费用支出，填报在附表三第40行第1、3列，第2列填0;
(3)将《搬迁清算损益表》的“搬迁所得(或损失)”金额过入在附表三：为搬迁所得时，过入第19行的第2、3列;为搬迁损失时，过入第40行的第2、4列，第1列均填0。
3、以后各年会计上确认搬迁补偿收入时，也填报在附表三第11行，其中：该行第1、4列填报当年会计上确认的补偿收入，第2列填0。
(五)涉及搬迁企业资产处置损益的纳税调整
从搬迁开始至搬迁完成年度，每年应按照会计上计入当年损益的搬迁资产处置净损益进行纳税调整：计入营业外收入的，填报在附表三第19行第1、4列，第2列填0;计入营业外支出的，填报在附表三第40行第1、3列，第2列填0。