国家发展改革委员会会同农业部制定了《全国畜禽粪污资源化利用整县推进项目工作方案（2018-2020年）》，整合中央投资专项，重点支持畜牧大县整县推进畜禽粪污资源化利用。全国畜牧总站组织征集畜禽粪污资源化利用典型技术模式，在全国共收集了29个省239种技术模式，经专家筛选评审，总结提炼出种养结合、清洁回用及达标排放3个方面9种畜禽粪污资源化利用主推技术模式。
一、种养结合
1、粪污全量还田模式对养殖场产生的粪便、粪水和污水集中收集，全部进入氧化塘贮存，氧化塘分为敞开式和覆膜式两类，粪污通过氧化塘贮存进行无害化处理，在施肥季节进行农田利用。
主要优点：粪污收集、处理、贮存设施建设成本低，处理利用费用也较低；粪便、粪水和污水全量收集，养分利用率高。
主要不足：粪污贮存周期一般要达到半年以上，需要足够的土地建设氧化塘贮存设施；施肥期较集中，需配套专业化的搅拌设备、施肥机械、农田施用管网等；粪污长距离运输费用高，只能在一定范围内施用。
主要优点：好氧发酵温度高，粪便无害化处理较彻底，发酵周期短；堆肥处理提高粪便的附加值。
主要不足：好氧堆肥过程易产生大量的臭气。
适用范围：适用于只有固体粪便、无污水产生的家禽养殖场或羊场等。
3、粪水肥料化利用模式养殖场产生的粪水经氧化塘处理储存后，在农田需肥和灌溉期间，将无害化处理的粪水与灌溉用水按照一定的比例混合，进行水肥一体化施用。
主要优点：粪水进行氧化塘无害化处理后，为农田提供有机肥水资源，解决粪水处理压力。
主要不足：要有一定容积的贮存设施，周边配套一定农田面积；需配套建设粪水输送管网或购置粪水运输车辆。
适用范围：适用于周围配套有一定面积农田的畜禽养殖场，在农田作物灌溉施肥期间进行水肥一体化施用。
4、粪污能源化利用模式（含沼渣、沼液、沼气）以专业生产可再生能源为主要目的，依托专门的畜禽粪污处理企业，收集周边养殖场粪便和粪水，投资建设大型沼气工程，进行厌氧发酵，沼气发电上网或提纯生物天然气，沼渣生产有机肥农田利用，沼液农田利用或深度处理达标排放。
主要优点：对养殖场的粪便和粪水集中统一处理，减少小规模养殖场粪污处理设施的投资；专业化运行，能源化利用效率高。
主要不足：一次性投资高；能源产品利用难度大；沼液产生量大集中，处理成本较高，需配套后续处理利用工艺。
适用范围：适用于大型规模养殖场或养殖密集区，具备沼气发电上网或生物天然气进入管网条件，需要地方政府配套政策予以保障。
二、清洁回用
5、粪便基质化利用模式以畜禽粪污、菌渣及农作物秸秆等为原料，进行堆肥发酵，生产基质盘和基质土应用于栽培果菜。
主要优点：畜禽粪污、食用菌废弃菌渣、农作物秸秆三者结合，科学循环利用，实现农业生产链零废弃、零污染的生态循环生产，形成一个有机循环农业综合经济体系，提高资源综合利用率。
主要不足：生产链较长，精细化技术程度高，要求生产者的整体素质高，培训期实习期较长。
适用范围：该模式既适用大中型生态农业企业，又适合小型农村家庭生态农场，同时适合小型农村家庭农场分工、联合经营。
6、粪便垫料化利用模式基于奶牛粪便纤维素含量高、质地松软的特点，将奶牛粪污固液分离后，固体粪便进行好氧发酵无害化处理后回用作为牛床垫料，污水贮存后作为肥料进行农田利用。
主要优点：牛粪替代沙子和土作为垫料，减少粪污后续处理难度。
主要不足：作为垫料如无害化处理不彻底，可能存在一定的生物安全风险。
适用范围：适用于规模奶牛场。
7、粪便饲料化利用模式（主要养殖蚯蚓、蝇蛆、黑水虻等）畜禽养殖过程中的干清粪与蚯蚓、蝇蛆及黑水虻等动物蛋白进行堆肥发酵，生产有机肥用于农业种植，发酵后的蚯蚓、蝇蛆及黑水虻等动物蛋白用于制作饲料等。
主要优点：改变了传统利用微生物进行粪便处理的理念，可以实现集约化管理，成本低、资源化效率高，无二次排放及污染，实现生态养殖。
主要不足：动物蛋白饲养温度、湿度、养殖环境的透气性要求高，要防止鸟类等天敌的偷食。
适用范围：适用于远离城镇，养殖场有闲置地，周边有农田，农副产品较丰富的中、大规模养殖场。
8、粪便燃料化利用模式（生物干化、生物质压块燃料）畜禽粪便经过搅拌后脱水加工，进行挤压造粒，生产生物质燃料棒。
主要不足：粪便脱水干燥能耗较高。适用范围：适用于城市和工业燃煤需求量较大的地区。
三、达标排放
9、粪水达标排放模式养殖场产生的粪水进行厌氧发酵+好氧处理等组合工艺进行深度处理，粪水达到《畜禽养殖业污染物排放标准》(GB18596-2001，其中COD低于400mg/L，NH3-N低于80mg/L，TP低于8mg/L)或地方标准后直接排放，固体粪便进行堆肥发酵就近肥料化利用或委托他人进行集中处理。
主要优点：粪水深度处理后，实现达标排放;不需要建设大型粪水贮存池，可减少粪污贮存设施的用地。
主要不足：粪水处理成本高，大多养殖场难承受。
适用范围：适用于养殖场周围没有配套农田的规模化猪场或奶牛场。