为加快推进盐城渔业技术突破与成果转化，推动产业模式创新与品牌化建设，引领现代渔业体制创新与人才队伍建设，实现水产行业高质量发展。2020年11月7日盐城市人民政府批准成立盐城水产科学研究院。盐城水产科学研究院设在盐城生物工程高等职业技术学校。研究院立足盐城，依托长三角，聚焦中国沿海，面向东亚地区，集水产科学研究、技术创新、技术合作与推广于一体，是科技创新基地、转化推广平台和高端专业智库融合发展的新型研发机构。
研究院工作目标：依托高校、科研院所的人才和技术优势，紧密结合盐城市渔业发展需求，充分发挥集聚整合创新要素，配合盐城市渔业发展专家咨询委员会和研究院智库专家，组织开展科技创新、支撑企业高质量发展、引领水产行业技术创新，重点突破种苗繁育、科学养殖、绿色生产等一批关键技术，整体提升盐城渔业企业科技创新能力，在里下河及沿海地区培植壮大一批规模化水产基地，构建完善以企业为主体、市场为导向、政产学研相结合的国家级或省级现代渔业产业技术支撑体系。
研究院主要任务：承担盐城市渔业发展专家咨询委员会秘书处职责，为政府和企业定制渔业研究服务；举办年度盐城黄海渔业发展论坛，搭建渔业专家智库，为盐城渔业发展把脉引航；推进课题项目攻关，推动渔业育种育苗、创新品种、绿色生产等领域的科学研究和技术推广；编制发布年度《盐城渔业发展白皮书》等。
研究院研究方向：盐城水产科学研究院将在盐城市渔业发展专家委员会指导下，在智库专家的技术支撑下，通过加强盐城渔业全产业链的研究与技术推广服务等路径，在里下河及沿海地区建立现代化的苗种、养殖、加工研发基地，服务渔业企业，助力盐城渔业高质量发展，实现盐城市水产行业现代化。主要研究方向：一是开展水产种苗研究；二是开展现代物联网支撑下的科学养殖体系研究；三是开展渔业绿色生产体系建设研究；四是开展海洋牧场建设研究；五是开展养殖水资源环境的保护与湿地修复研究。
一、开展水产种苗研究
结合盐城渔业养殖特点，开展中华绒螯蟹、青虾、黄颡鱼、鲈鱼、斑点叉尾鮰、沙塘鳢、泥螺、沙蚕罗氏沼虾、半滑舌鳎和瘤背石璜、条斑东方豚、海蜇、条斑紫菜等苗种研究，形成盐城品牌、盐城种业对盐城渔业高质量发展起到关键支撑。
研究院将在建湖、射阳、大丰和东台等地建立种苗繁育基地，同时鼓励企业合作或自主建立种苗研创基地，以射阳蟹苗协会开展河蟹种业研究、以康余公司开展鲈鱼和黄颡鱼种业研究、以金洋等公司等开展海蜇种业研究；以建湖正源创辉公司开展鮰鱼种业研究；以大丰海瑞公司开展条斑紫菜种业研究；在盐都开展青虾和沙塘鳢种业研究；在亭湖开展泥螺、沙蚕种业繁殖研究；在响水开展日本对虾、河豚种业研究；在东台罗氏沼虾、半滑舌鳎和瘤背石璜种业研究。在智库专家团队指导下，逐步实现水产种苗的优质高效生产。
二、开展现代物联网支撑下的科学发展体系研究
开展渔业信息化研究，把物联网技术运用到养殖过程，实现水产品全程可追溯，确保养殖废水达标排放和生态环境安全，保证水产品食物安全，逐步实现水产品高竞争力和地区优势。
树立高质量发展理念，坚持“三产”共兴和“三生”共荣相协调的发展理念，结合特色渔港、美丽乡村、特色农旅等主体建设和农业新兴支柱产业发展实践，将水产养殖业融入区域经济发展链条和生产经营网络，在推进多类产业交互式发展中，实现产业链条延伸和拓展，建立现代渔业科学发展体系。
三、开展渔业绿色生产体系建设研究
四、开展海洋牧场建设研究
海洋牧场是将人工放流的经济海洋生物聚集起来，像在陆地放牧牛羊一样，对鱼、虾、贝、藻等海洋资源进行有计划和有目的的海上放养。开展海洋牧场建设研究，提高产量、确保水产资源稳定和持续增长、实现生态渔业的可持续发展。
目前，已经利用沿海辐射沙洲和近岸滩涂，在合适区域搭建半浮动筏式养殖设施，进行投放高密度果孢子进行丝状体苗种，培育紫菜。在滩涂提供泥螺、条鳎、青蛤、文蛤、缢蛏等苗种进行增养殖，具备牧场的雏形，需要加强规划与研究，开展近海网箱和人工鱼礁建设，利用现代生物工程和电子学等先进技术，在近海建立“海洋牧场”，通过人工增殖放流(养)和吸引自然鱼群，使得鱼群在海洋中也能像草原里的羊群那样，随时处于可管理状态。同时也要加快海洋水产品深加工等方面的研发，拉长海洋牧场的产业链。
五、开展养殖水资源环境的保护与湿地修复研究
水产养殖是在水域内以自然物为对象的生产部门，产业的发展依赖但同时也影响着生态环境。在大力推动生态文明建设和绿色发展的时代背景下，牢牢树立“绿水青山就是金山银山”的发展理念是水产养殖实现高质量发展的必由之路。策应盐城沿海湿地自然遗产保护，在养殖区域开展水资源环境保护，实现养殖废水的生态净化，同时修复养殖区域的湿地，为养殖的绿色化发展提供可行方案和技术支撑将是研究院的一项长期工作。
养殖尾水处理一直是困扰渔民的难题，通过科研攻关，集中收置，或生态工程净化过滤消解，解决难题，实现养殖废水再循环再利用，减少区域环境污染和水生动物病害发生。
对宜养湿地进行规划，对重要物种栖息地进行生态修复和保护，退出养殖区域，为黄海湿地留下物种栖息空间。海岸沿线进行生态环境综合整治与湿地修复，既提升自然遗产的生态质量，又能充分发挥生产潜能，通过渔业科技创新对规划养殖区提档升级，提高养殖效率，让沿海滩涂老百姓生产、生活与生态共同发展。
基地建设：一、科技创新推动基地建设
盐城地区蟹苗除自给自足外，70%远销市外。蟹苗质量的好坏将直接影响到成蟹生长的质量。因此，大闸蟹产业分发展离不开苗种的质量。盐城知名品牌大纵湖大闸蟹，出产于大纵湖及盐都地区条件相似水域，因蟹身不沾泥，俗称清水大蟹。青背白肚，金爪黄毛，螯足强健，肉鲜味美，营养丰富。在2017年，盐都区就有16万亩大纵湖大闸蟹养殖面积，养殖户超过2000户。规模大的养殖三、四千亩，面积小的也有四、五十亩。大闸蟹年产量5000吨，实现产值近5亿元。可见，蟹苗的苗种对产业发展生死攸关。建立河蟹研究所，抓住关键问题，突破种苗关键技术，把现有的育苗企业培大做强，才能实现水产产业的高质量发展。
1984年中国从美国引进斑点叉尾鮰，开始养殖鮰鱼，1987年繁殖成功，1988年后进行全国推广形成商品化池塘饲养，1993年开始进行网箱养殖并于2003年达到规模化。但斑点叉尾鮰后代容易体色分化、体型变化、生长速度减缓，多出现早熟现象、抗逆力差、发病率高。鮰鱼后代苗种也容易出现规格偏小,参差不齐，养成成品后也会出现加工出肉率下降等问题。实际上鮰鱼苗种问题已经到了鮰鱼养殖卡脖子的地步。
建立鮰鱼研究所，组织力量攻关协作，在本地突破苗种问题对养殖鮰鱼产业是关键之举。鮰鱼不带肌间刺、肉质好、蛋白质含量高、出肉率高达40%以上，是少有的适宜规模化生产加工鱼片的淡水鱼类品种之一。之前鮰鱼国内市场份额低，鮰鱼片主要用于出口。新冠疫情后，出口受限，鱼产品进口同样受限，长江十年禁捕，因此，国内市场需求量会变大，对鮰鱼等养殖产业讲有大发展机遇。
盐城沿海不仅有湿地世界自然遗产，迁飞的珍禽，更重要的是滩涂湿地，而鸟类主要的生物——滩涂水生动物是盐城渔业的重要支撑。调查显示，盐城有滩涂水生动物400余种，鱼虾贝藻价值无限，有经济价值的占70%以上。研究滩涂水生动物，策应渔业发展和湿地遗产保护是造福子孙后代的神圣事业，是盐城建设渔业现代化的基础。建立滩涂水生动物研究所，开展湿地动物研究，培育养殖品种，保护栖息环境，解决养殖过程中困扰的环境问题，实现降低养殖对自然水产资源破坏的风险。
二、转化推广平台建设
三、高端专业智库建设
研究院设立智库专家组，聘请国内外业内专家学者为研究院智库专家，定期向专家问诊，解决盐城渔业发展难题。提供便利让专家及其团队引领或参与盐城渔业科技创新。充分发挥专家的研创优势，全面提升盐城渔业人才经营管理水平。