通过对203个驯化水稻品种和435个野生水稻品种的全基因组数据进行群体结构分析。在野生稻种群中，确定了6个亚组（图1），分别表示为Or-A、Or-B、Or-C、Or-D、Or-E和Or-F。四种成分（Or-A，Or-B，Or-C和Or-D）是野生稻独有的，当K从2增加到3时，Or-A组分是第一个出现在野生稻中，该组分具有广泛的地理分布。当K=5时，Or-B出现，它几乎完全在中国发现，可能代表籼稻和粳稻的野生祖先。当K=6导致Or-C的出现，其主要发现在南亚和东南亚，Or-D几乎完全存在于印度支那半岛和孟加拉国等。最后两个亚组（Or-E和Or-F），它们分别含有aus和indica这两个栽培种的遗传成分。
图1驯化水稻和野生水稻的群体结构分析
图3sh4基因所在区域的群体结构分析
图4sh4单倍型在野生稻和栽培稻之间的差异
图5野生稻和栽培稻的叶绿体单倍型分析
4、栽培稻向野生稻的基因流向利用五个野生稻种群和四个栽培稻种群研究水稻之间的基因流。栽培稻亚群始终表现出更强的遗传漂变，可能是因为它们在驯化和人工选择过程中经历了巨大的瓶颈。只允许一个迁移事件（m=1），观察到indic到Indochina野生稻种群（ICW）的混合，贡献了Indochina野生稻46％的DNA。当m=2时，观察到从Indochina野生稻到china野生稻的大量基因流，这可能是原始野生稻和栽培稻混合为china野生稻的结果。当m=3时，china野生稻与Indochina野生稻、Archipelago野生稻聚为一类，但得到来自japonica祖先的大量基因流（49％）（图6），还有从aus到TRJ的19％的admixture事件，表明这两个亚群之间具有大量相似的遗传血统。可能的是，中国发现的Or-B成分不是“真正的”野生成分，而是野稻和古代粳稻的混合物。
THE END