畜禽养殖业具有养殖场的废水、微生物病原体、饲料中的农药残留等多个方面的污染因素，对土壤、大气以及水资源都会产生不同程度的污染。畜禽的排泄物中因为含有很多难以分解的有害气体，包括硫化氢、粪臭素、胺、吲哚等上百种有害物质，不但影响人类和禽类的健康，还会导致酸雨等现象，对大气造成了严重的污染。
另一方面，我国的畜禽饲料质量并不是很高，还有很多地区会用发霉变质的粮食喂养畜禽，这些物质在动物的体内很难分解，再加上畜禽体内可能含有很多抗菌素之类的疫苗残留。这些未经处理的粪便如果直接用在农田中，就会引起农作物减产和晚熟，并且这样的农产品对人类的危害不言而喻，对土壤的损害也是非常严重的。
（二）畜禽养殖场的污染
由于大部分畜禽养殖场的处理环节不够科学，所以出现很多畜禽洗刷消毒后的废水，屠宰场产生的废物，以及畜禽排泄的含毒有机物未经处理就直接丢弃、排放，不但造成畜禽养殖场周围布满污水和细菌，还会散发出阵阵难闻的恶臭。这些现象长此以往就会严重污染我国地下水的质量，造成水资源的污染，不但会直接危害人们的身体健康，还会因为其中包含的很多病原微生物，导致很高的发病率。
二、畜禽养殖业造成环境污染的原因
（一）畜禽养殖场未经合理规划
（二）畜禽粪便未得到充分利用
三、防治畜禽养殖对环境污染的有效措施
（一）科学规划畜禽养殖场的布局
科学合理的规划畜禽养殖场的选址布局，是确保减轻畜禽养殖业对环境造成污染的首要条件，但是在选址布局时要注意做到，满足畜禽养殖户的生产需求以及生态环境发展的需求，控制合理的养殖规模。政府要对没有任何处理防治措施的畜禽养殖场采取关停的手段，对不符合标准的畜禽养殖场严格审批，要求他们在定期内做好整改，争取从源头上确保畜禽养殖场减少对周围生态环境的污染。
（二）强化畜禽养殖户的环保意识
（三）加强对畜禽粪便的处理措施
畜禽排泄废物作为污染生态环境的主要原因，必须要加强对畜禽粪便的处理措施。一方面实行高温堆肥，因为畜禽粪便中还含有很多元素是对农作物有利的，因此处理后的畜禽排泄物可以卖给农业种植户当肥料，还可以加工成有机化肥，不但可以提高畜禽养殖户的经济效益，还能促进我国农业发展的高效稳定。但是期间要注意对收集畜禽粪便的场地进行防渗透防淋措施，以防止对周围环境和地下水资源的污染。
另一方面实行沼气发酵，利用沼气池对畜禽的排泄废物进行厌氧发酵，气体可以提供部分能量用于保温或制作燃料，剩余的部分可以制成肥料，这样就可以做到既减少了对环境的污染，又提高了我国的经济水平，同时也为我国的可持续发展提供有力的支持。
（四）畜禽废物的终端处理
利用沼气池养鱼可以提高鱼苗的成活率，因此在畜禽废水的终端处理上，可以建立养鱼塘、生物塘等，避免污染的同时创造可观的经济效益，充分发挥资源的利用价值。并且还可以利用干式清粪技术，减少畜禽排泄废物的排放量，有助于实现资源的循环再利用，进而在最大程度上减轻畜禽养殖业对生态环境造成的种种污染。
根据以上的论述，我们不难发现，畜禽养殖业产生的污染不仅仅是对生态环境造成了影响，还对我国居民的身心健康产生威胁。因此必须要针对这些问题采取有效的防治措施，以确保将畜禽养殖业的污染程度降到最低，同时将畜禽产生的废物变废为宝，创造更高的资源价值和经济效益。