通过基于遗传距离邻接法构建的10个贵州地方猪种（从江香猪、白洗猪、黔东花猪、关岭猪、江口萝卜猪、糯谷猪、黔南黑猪、柯乐猪、黔北黑猪、柯乐猪的杂交猪）个体和种群水平的系统发育树，可以发现，从江香猪和江口萝卜猪的亲缘关系更为相近，黔东花猪和黔南黑猪的亲缘关系更为相近，白洗猪和关岭猪单独成枝。从地理位置上来看，黔东花猪主要分布于黔东南苗族侗族自治州的天柱、黎平、三穗、玉屏等县，黔南黑猪主要产于黔南州南部布依族、水族聚居的边远地区，分布区域临近。
近年来，行业集约化程度在提升，部分贵州养殖企业也开始更多地布局生猪育种。张依裕认为，目前贵州生猪种业仍然存在三大问题，一是贵州地方猪资源特性评估不足；二是贵州地方猪保护面临困境；三是保种、育种能力薄弱。
目前保种、育种企业实力不强，保种企业规模偏小、资金不足、技术力量弱，保种技术人才缺乏。且缺乏保种经费的持续支持，缺乏有计划的选种选配，纯种数量急剧下降，种用公猪数量少，一些猪品种处于濒临灭绝或危害等级等等问题不容忽视。
对此，张依裕提出了七点建议。
1.加大对地方猪种的优劣特性的评估。全面系统评估，摸清种群遗传结构，针对每个品种建设有效的保护群体和保护方案，明确育种或选育及商业生产方向，加强对新资源的鉴定与申报，保种场（原产地和异地）和保种区同步进行保种。
2.加强对地方猪保种场技术人才的输入。充分利用县区级畜牧科技人才，派驻企业，解决保种企业引才难的问题，有效推进保种技术方案实施，实现有效保种，推进提纯复查壮或种质创新利用
3.建立地方猪保种财政经费持续资助机制。建立财政补贴的长效保种机制，积极探索“国家财政+民间资本”共同参与地方猪保种工作
4.着力探索地方猪产业的发展战略。资源保护、资源鉴定与优劣性状系统评估、创新育种或选育提升、品牌建设与多用途商业开发，形成产业链发展
5.大力支持新品种或配套系的培育。充分利用地方猪种和引入猪种的优良特性，开展新品种或配套系的培育，实现种业创新，推进贵州生猪高质量发展
6.加强地方猪养殖技术体系建设。结合每个地方猪的遗传背景，建立一猪品种一养殖技术体系的养殖方式。
7.加强对国家级育种场和种公猪站的建设。根据农业部最近颁发的生猪种业方阵文件，贵州未进入国家生猪种业阵型发展省份。我们需要加强地方猪等育种场的建设，取获批国家级地方猪核心育种场或种公猪站。