2021年，江苏全省上下按照“全省统一领导、市级组织协调、县级具体实施、乡村全面覆盖、各方共同参与”原则，克服新冠肺炎疫情等不利因素影响，完善工作机制，细化工作措施，狠抓工作落实，开展了进村入户、地毯式的面上普查，在全国率先完成畜禽遗传资源面上普查工作。
面上普查实现区域和品种全覆盖，共调查行政村21715个，填报数据约3500条，普查畜禽品种（配套系）165个、群体数量350多万头（只/羽/匹），蜂品种5个、群体数量8万多箱。普查新发现红灯笼猪、徐海鸡、句容白鹅、昆山麻鸭等畜禽遗传资源4个，坚持边普查边收集边保护，采取了初步的抢救性保护措施，为后期畜禽遗传资源保护和利用奠定了基础。畜禽遗传资源保护体系不断完善。2021年对盱眙山区水牛、黄淮山羊等7个地方资源明确了保护主体，新增认定了11个省级畜禽遗传资源保种单位，目前，江苏省对列入《国家畜禽遗传资源品种名录（2021年版）》的省内地方品种已实现了全覆盖保护，对列入《省级畜禽遗传资源保护名录》的品种保护覆盖率也已达90％以上，努力实现应保尽保。
江苏省委省政府高度重视种质资源保护与利用工作，出台《关于加强农业种质资源保护与利用的实施意见》，并将种质资源普查纳入省委全面深化改革工作中予以推动。省农业农村厅加强统筹安排，成立由分管副厅长任组长的省农业种质资源普查领导小组，设立畜禽遗传资源普查工作办公室，出台省级普查方案，召开专题推进会，整体谋划、统一推进。省级财政安排1140万元专门用于畜禽遗传资源普查工作开展。
利用江苏涉农高校、科研院所众多的优势，专门成立了由南京农业大学、扬州大学、农科院、家禽科学研究所等科研院校57位专家组成的省级普查技术专家团队，制定专家组工作规则，按照专业对口、就近就地的原则，建立分片包区工作机制，做到市县到人、品种到人、责任到人。据不完全统计，面上普查期间，省级普查技术专家组累计召开工作会议25次，赴基层200多天次指导近1000人次，培训授课5000多人次，在线答疑800多次。
编印《江苏省第三次畜禽遗传资源普查指导手册》和《普查四十问》，并在“农技耘App”设立江苏省畜禽遗传资源品种介绍（图谱）专栏，为普查员进村入户调查、信息系统填报提供技术指导。为指导各地科学普查、精准普查，细化实化工作方案，统一技术路线、普查方法和登记口径，开展多层级技术培训，线上线下累计培训1.5万余人次。
省畜禽普查办建立了普查工作常态化调度通报机制，实行“一周一调度，半月一通报”，实时跟踪各地普查进度，督促加快工作进度，累计调度近20次、通报5次，确保普查工作按计划、有步骤推进。