养殖产生的畜禽污染物（粪便、粪水和污水）全量收集，经过好氧堆肥、厌氧发酵或储存池自然消化后全量还田利用。
优点：全量收集，养分利用率高；粪污收集、处理、储存设施成本低。
缺点：需要大量土地建设氧化塘及储存设施，并且需要配套专业化的农田施用管网、施肥机械设备。
适用范围：适合粪水近距离使用。
二、堆肥还田
将养殖粪污堆放起来，在自然条件下或在一定的温度、湿度、通气条件下，辅以简单翻搅或不翻搅，利用微生物的发酵作用使堆料中的有机物腐熟，成为含氮丰富的腐殖质。
优点：工艺简单。
缺点：存在腐熟不彻底的情况，含有大量的杂菌，施用后会导致作物发生病害；堆肥过程产生大量臭味；质量无法保证。
适用范围：适用于散养户和各种规模养殖场。
三、生产商品有机肥
以禽畜粪便、作物秸秆等为主要原料，经高温发酵、腐熟、除臭等无害化处理后，按照国家标准制成有机肥料。
优点：肥效全面、合理；施用方便、均匀；有效改善土壤板结。
缺点：需要建设一定体积的发酵场所，发酵过程需要按照一定工艺流程开展。
适用范围：适用于规模养殖场或养殖小区、第三方粪污处理机构集中收集粪污发酵。
四、粪污能源化
利用大型沼气工程，对养殖粪污进行厌氧发酵，最终产生沼渣、沼液、沼气，沼气用于发电或提纯生物天然气，沼渣用于农用肥料或商品有机肥，沼液还田利用或经处理后达标排放。
优点：变废为宝，提供清洁能源；可依托专门的畜禽粪污处理企业，收集周边养殖场粪便和粪水集中统一处理，减少小型养殖场对粪污处理设施的投资。
缺点：投入成本高，处理工艺较复杂；沼气发电应用市场处于不完善阶段。
适用范围：适用于大型规模养殖场或养殖密集区,需具备沼气发电上网或生物天然气进入管网条件。
五、达标排放
养殖场产生的污水进行厌氧发酵＋好氧处理等组合工艺进行深度处理，污水达到《畜禽养殖业污染物排放标准》（GB18596-2001）或地方标准后直接排放，固体粪便进行堆肥发酵利用或委托他人进行集中处理。
优点：污水深度处理后，实现达标排放；不需要建设大型污水储存池，可减少粪污储存设施的用地。
缺点：污水处理成本高，大多养殖场难以承受。
适用范围：适用于养殖场周围没有配套农田的规模化养殖场。