根据上述职责，市农牧业局设19个内设机构：
处理机关日常工作，协调机关政务工作；负责机关文电、会务、机要、档案、信息、安全、保密和信访工作，承担新闻发布和政务公开工作；承担重大突发事件应急综合管理和行政审批工作；牵头协调市直农牧业系统和农牧业行业安全生产工作。
负责局机关及局属单位的人事管理、机构编制工作；承担局机关及局属单位领导班子建设、干部培训、干部考核工作；负责局机关党务工作；负责全市农牧业系统科技人才队伍、农牧业技术推广队伍建设规划及科技人员管理工作；负责组织农牧业专业技术职务评聘工作。
负责提出扶持农牧业和农牧区发展的财政、信贷和保险等有关政策建议；审核、汇总、编报本系统各行业的年度部门预决算；负责局机关财务及本系统各类专项资金的会计核算工作；指导、监督农牧业系统所属单位的财务管理和会计工作；研究提出农牧业系统财务管理的指导意见；负责监管本系统及所属单位的国有资产和政府采购工作；负责农牧业系统内部审计工作。
组织拟订农牧业地方性政策、管理办法，监督管理农牧业行政执法，组织、协调、指导农牧业综合执法工作；承担农牧业行政复议，组织行政应诉工作；指导农村牧区土地承包、耕地(草场)使用权流转和承包纠纷仲裁管理工作；指导农牧民合作组织建设和农牧业社会化服务体系建设。
拟订农牧业科技推广的规划、计划和有关政策，组织农牧业科研、技术引进、成果转化和推广工作，指导农牧业技术推广体系改革与建设；组织农牧民从业技能和农村牧区实用人才培训，指导农牧业教育和农牧业技能开发工作；承担农牧业植物新品种保护和实施农牧业转基因生物生产加工许可审查及监督管理工作；承担指导农村牧区可再生能源开发利用工作；指导农牧业生产环境保护工作；承担农牧业科技成果的管理工作。
拟订农牧业和农村经济信息体系、全市大宗农畜产品市场信息体系建设规划，并组织实施；监测分析农牧业和农村牧区经济运行；承担农牧业统计工作，发布农牧业和农村牧区经济信息；承担培育、保护和发展农畜产品品牌的有关工作；组织协调菜篮子工程。承办农牧业涉外事务，承担农牧业贸易促进和有关经济、技术交流与合作工作；承办农牧业对外援助的有关事宜。
拟订渔业发展规划、计划并组织实施；承担实施重大渔业科研、基建项目，负责水产品质量监督和渔业标准化管理；组织水生动物病害防控工作，指导水产品加工流通；负责渔政渔港监督管理工作；组织渔业水域生态环境及水生野生动植物保护；指导监督渔船安全、渔业生产安全。
拟订畜牧业发展规划、计划并组织实施，指导畜牧业结构和布局调整工作；负责畜禽良种繁育体系建设，负责畜禽遗传资源保护与开发利用；指导畜牧业防灾减灾王作；会同有关部门拟订奶业发展规划、计划，并组织实施；承担奶业生产的监督管理工作。
拟订草原资源保护、建设与合理利用的政策、规划和计划并组织实施，参与编制防沙治沙规划；负责草原监理、草原执法和全市禁休轮牧督查工作；组织实施草原生态监测和普查；负责牧草种子生产经营许可证审查和报批；组织实施草原鼠虫防治工作；负责编制草原防火规划，负责草原防火日常工作。
拟订饲料行业发展规划、计划并组织实施；负责组织饲料资源的保护及合理开发利用工作；负责饲料行政监督管理和饲料产品质量安全监督管理工作；组织饲料科研和技术推广项目的遴选及实施；管理饲料行业经济、技术信息工作；负责全市饲料生产企业的设立初审工作。
承担农畜产品质量安全监督管理工作，承担组织农畜产品质量安全风险评估、农畜产品质量安全监测和信息发布工作；承担组织、指导农牧业检验检测体系建设工作；承担依法实施符合安全标准的农畜产品认证审查和监督管理工作。
负责综合农牧业产业化重点建设项目；负责组织评审和认定市级龙头企业，并负责自治区级、国家级龙头企业的申报和争取工作；汇总全市农牧业产业化的统计资料，并对农牧业产业化考核目标进行评价。
编制全市农牧业产业化发展规划、年度计划，拟定年度产业化重点建设项目及投资计划，并组织实施；负责全市农牧业产业化项目的组织论证、协调、争取工作，组织开展农牧业产业化招商引资和对外经济技术合作；提出全市农牧业产业化方面各类资金的安排意见；对重点项目建设实施情况进行监管。
提出扶持龙头企业发展的政策措施并组织实施；负责编制农牧业产业化龙头企业发展规划和年度计划并组织实施；完善企业、基地、协会和农牧户之间的利益联结机制；对龙头企业实行宏观监测、管理和指导，推进建立现代企业制度，促进技术进步和农牧业产业化结构优化升级；推进农畜产品加工业的发展，重点抓好肉、林沙、饲草料等主导产业加工企业的培育和壮大；协助有关部门抓好农畜产品交易市场建设、基地建设、中介服务组织和农牧民经纪人队伍建设。培植农畜产品名优品牌等工作。
负责全市人口搬迁转移项目区的落实；负责搬迁转移人口基本情况调查统计；负责搬迁转移政策的宣传和落实及搬迁转移方案的制定，指导有关合同的签订；负责搬迁转移项目的监管、评估和验收工作；负责搬迁转移人口的住房安置和后续服务工作。
负责编制全市农村牧区劳动力转移培训中长期规划和年度计划，并组织实施；负责农村牧区劳动力转移就业信息的采集、发布工作；负责制定全市农村牧区劳动力转移就业安置政策，并组织落实；负责国家农村牧区劳动力转移培训阳光工程项目的实施；负责协调有关部门落实转移出来农村牧区劳动力就业工作。
兽医局(兽医行政综合科、防疫监督科、医政药政科、畜禽屠宰管理科)
拟定动物疫病防控和检疫规划、计划并组织实施；负责动物疫情管理工作，负责全市重大动物疫病控制和扑灭工作；负责动物产品卫生质量安全监督管理和动物标识及疫病可追溯体系建设；负责兽医行业项目建设管理工作。
负责兽医医政、兽药药政行业管理工作，依法承担兽药和器械研制、生产、经营和使用的管理；制订兽医管理体系和队伍建设发展规划，并组织实施；负责执业兽医管理和培训工作；负责兽医生物安全管理；负责兽医科技管理和对外合作工作。