随着市县级体制改革的不断完成，乡镇畜牧兽医站淡出历史舞台已经是不争的事实，可是畜牧业是农业的重要组成部分，畜产品的安全供给关系到人们的菜篮子，也是关系到社会稳定的大事。如何建立高效而有力的未来乡镇畜牧兽医体系，是个值得研究的问题，也是关系到畜牧业稳定发展的重要举措。
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当前畜牧兽医管理体系存在的问题
畜牧兽医技术推广体系在畜牧业的发展中起到过非常重要的作用，目前完整的畜产品供给体系中基层畜牧兽医站有着十分重要的作用。可是在新形势下也有许多不符合现在市场经济发展规律的地方，基层乡镇畜牧兽医体制已经到了非改不可的地步。
现存的乡镇畜牧兽医站普遍存在有行政执法和事业服务职能不分的情况，造成畜牧兽医执法难的现象，也对政府的依法行政存在有影响。而畜牧兽医站过于机关化阻止了对畜牧业的有效服务，不仅对畜牧业发展有影响，也造成了一定的服务短板。
乡镇畜牧兽医体系自身也存在很多问题，如人员结构不合理，服务一线的能力差，知识层次不合理，缺乏快速的检测能力，对疫病的诊断尤其是普通病还处于"望闻问切"的阶段，科技含量低，先进的诊断方法得不到使用。
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本轮机构改革对于基层畜牧兽医机构的影响
此次机构改革最主要的目的就是将行政执法权和事业服务职责完全剥离并进行分置，使政府更为彰显服务功能，最终实现“大市场小政府”的格局。在畜牧兽医体系内，通过整合农业执法力量，提升农业执法效果，彰显农业执法权威，打通执法难“最后一公里”在基层显得尤为重要。乡镇级是畜牧兽医经营活动的最前沿，工作细碎而接触面较多，加强乡镇畜牧兽医执法力量很重要。
在这次机构改革中，好多地区的乡镇畜牧兽医站的畜牧兽医技术服务职能将会并入乡镇农业科技服务中心，而畜牧兽医监督职能将会被归入乡镇综合执法大队，只有很少的地方会单独设立乡镇畜牧兽医站。
2.1畜牧业结构的改变造成畜牧兽医服务形式发生根本性改变
如今畜牧业结构发生了变化，由以前的千家万户养殖模式改变为以规模场为主、小型家庭牧场为辅的养殖模式，养殖农民抱团取暖，成立了具有一定抵御市场风险能力的养殖协会或者农民养殖合作社。由于养殖方式的改变，基层畜牧兽医的服务职能被弱化，其主要的重大动物疫病防治职能、新型畜牧技术推广能力以及消毒和普通病防治大多由社会化服务组织进行，乡镇畜牧站的服务职能被弱化。
2.2未来畜牧兽医技术服务体系在乡镇的业务范围
作为农业技术服务中心的一个组成部分，未来的畜牧兽医主要从事的是服务工作，而动物防疫、兽医卫生监督、种畜禽管理、饲料监管等职能将会移交乡镇综合执法部门，畜牧兽医服务部门的职责更加明晰。
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未来畜牧兽医部门的工作方向
未来畜牧兽医服务部门（乡镇农技服务中心）的主要工作就在于推广科学养殖，通过建立基层防控能力加大服务质量，加强疫情监测，切实做好重大动物疫病防治，维持健康的养殖环境，保障畜牧业的健康发展。
3.1加强饲养管理，净化饲养环境
在饲养环节防控动物疫病的传播：①禁止饲喂餐厨剩余物，禁止饲喂霉变饲料；②对规模养殖场的防护系统进行评估，尤其是对昆虫类的蜱虫（钝圆蜱、苍蝇、蚊子等）进行安全防护，加大驱虫频率，切断传播途径；③加强对猪场水源和饲料的检测，定期对水源进行消毒，并对其安全状况做出评估；④做好生物安全防护，对猪场的车辆进出、饲养管理人员进出建立严格的门禁制度；⑤建设猪场标准化养殖，合理分配养殖密度，建立生物安全防护到位的标准化养殖场，保持对畜禽粪便的无害化处理。
3.2加强检疫力度，防止疫病传播
3.3加强疫情报告，确保扑杀标准补偿到位
3.4加强基层的养殖场户的技术培训
基层是工作的“最后一公里”，如何提高基层兽医人员的防控能力就显得尤其重要，除了对基层人员加强技术方面的培训之外，最重要的是对从事养殖的养殖场主进行生物安全防护知识的培训，一方面可以提高他们在疫病防治方面的主动性，另一方面也可以让他们在动物疫病刚开始发作时就能够做出正确的判断。要在农民专业合作社的基础上组建基层兽医协会或者类似组织，弥补基层动物疫病防治的缝隙。
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结语
基层行政体制改革对于基层畜牧兽医行业来说既是机遇，也是挑战，随着行政执法与社会化服务职能的剥离，乡镇畜牧兽医站人员合并进入乡镇农业技术服务中心（或类似机构），畜牧兽医人员的主业得到了加强，尤其是得到了乡镇政府的大力支持，十分有利于工作的开展，是有利于畜牧业的持续性发展。