随着我国农村税费改革的不断深入，一些贫困乡镇财政危机矛盾逐步凸现，如财源严重不足，收入增长乏力，支出规模增长超过收入增长，收支矛盾不断加剧，财政平衡非常困难等。这些深层次的问题如果不能妥善解决，势必影响到基层政权的正常运转，甚至影响全面建设小康社会宏伟目标的实现，如何采取有效措施，适应改革的需要，缓解基层财政困难，是一个急需认真研究并妥善解决的问题。
一、农业税取消后，乡镇财政存在的困难和问题
（一）财政收入大幅下降，收支矛盾突出
（二）债务负担较重，化解难度较大
（三）刚性支出有增无减，收支平衡难度增大
在农业税取消导致乡镇收入大副减少的同时，乡镇的刚性支出却是有增无减。乡镇除了负担正常的人员工资和办公费用外，还要负担工资上涨、病退及病故补助、“村村通”工程补助、计划生育双重保险等，造成乡镇财政更加困难，尽管年终财政决算乡镇都能勉强实现平衡，但收入空转，隐性赤字大量存在。
二、镇财政困难和危机的原因分析
（一）经济发展水平低及财税体制缺陷是主要原因
1、经济不发达是乡镇财政困难的基础原因
2、预算体制不合理是乡镇财政困难的主要因素
目前，我国的预算体制不尽合理，税收分成比例中地方留成比例偏低，市县两级为了保证本级财政支出需要，在市、县、乡三级收支基数的测算和上交比例的确定上，市县两级集中财力过多，乡级财力过少，这在一定程度上挫伤了乡镇增收节支、当家理财的积极性。与此相配套的转移支付制度还不尽完善，且在转移支付过程中环节较多，寻租现象普遍存在。
3、税收体制缺陷是乡镇财政困难的重要因素
目前在乡镇一级有许多地方，征管机构设置与乡镇职能不配套，大多是国、地两税条条统管，负责工商各税的征收，而乡镇财政只负责征收农业四税和其他非税收入，客观上造成了一些扯皮现象，使得乡镇财政工作难以协调，较为被动。另外，税务往往以完成收入目标任务为出发点，当年任务完成后不愿过多超收，以便为下年留有余地，造成人为的收入流失。
4、预算管理方式不科学加重了乡镇财政困难
一是预算管理方式落后，大多乡镇并没有按照预算管理要求实行部门预算和零基预算，收入上主要是根据上年收入基数、结合当年支出需要来确定收入的增长幅度，并依靠行政手段来保证预算目标的完成，从而导致收入水分和虚假现象的发生。在预算支出的安排上，往往把指标压到最低限度，而后又频繁追加，使得纳入当年财政预算的各项收入和支出难以实施，财政支出随意性强，造成预算约束软化，影响了财政资金的效率，加重了乡镇财政的负担。
（二）政府职能转轨不到位，乡镇财政的制约和监督力度不够
1、乡镇政府在经济发展中角色定位不准
2、现行干部考核制度存在弊端
3、财务监督和管理力度不够
一是部分乡镇财政、审计人员法制观念淡薄，工作责任心不强，对乡镇财务疏于管理，或力度不够。实行乡财县管后，各乡镇财务支出较以前有所规范，但购买小轿车，超标准盖办公楼，招待费用过多过滥，借培训、外出考察等名目用公款外出旅游以及欠发村级干部工资，违反转移支付制度等，人为加重了乡镇债务负担。二是许多乡镇没有专门审计部门或虽设有审计站，但这些人员因业务水平差或碍于情面等原因，对本级财政的审计流于形式，审计部门形同虚设。三是大多数乡镇人大代表不懂财务知识，对本级预算看不懂、弄不明，加之乡级预算不细化、不具体、不公开、不透明，因此每年乡镇预、决算基本上是走形式。
4、机构改革不彻底，“吃饭”包袱仍然很重
各乡镇经过2005年的机构改革尽管下岗分流了一部分人员，合并了一些“七所八站”，表面上看机构减少了，人员编制也少了，但由于种种原因，迫于各种压力，考虑社会稳定等多种因素，这些人员并没有成为真正意义上的脱岗，只是“病退”或“内退”，财政仍在供给经费，加之增资、医保等刚性支出增加的因素，财政包袱并没有真正减轻。
三、解决乡镇财政困难的主要措施和对策
（一）因地制宜，寻找适合本地经济发展的路子
一是盘活现有的集体经济。乡镇集体企业在一定历史时期为乡镇经济的发展、农民增收、财政增收税作出过巨大贡献，但到目前有一部分资产未能得到充分利用，甚至闲置，应采取拍卖、租赁、兼并、承包、股份合作制等形式盘活集体资产，提高经济效益，为财政增收和减负创造条件；二是调整农业产业结构和产品结构。各地应按产业发展的要求立足本地实际，坚持以市场为导向，走专业化、区域化的路子，促进“两高一优”农业的发展；要按照择优原则发展龙头企业，解决农业小生产和大市场之间的矛盾，提高农产品商品率。要发展农产品商品基地，如建立烟叶、花卉、仔猪等基地，通过发展农产品商品基地，发挥规模效益，提高专业化程度，为农民致富、财政增收创造条件；三是适当进行招商引资。在摸清市场行情、项目可行性十分把握、对当地环境不造成污染、可持续发展指数符合要求的情况下，可大力进行招商引资。在招商引资、促进经济发展的过程中，乡镇党委、政府要更新观念，转变“角色”，从过去直接投入办企业、直接抓生产经营转到创造环境、落实政策、搞好示范和提供公共服务上来。
（二）本着财权与事权相统一原则，完善现行财税管理体制
一是调整中央和地方共享税的分配比例，增加税收返还基数，合理划分县乡政府的收支范围。乡镇政府必须服从县级政府的领导，但县对乡镇财政体制必须理顺。按照事权与财权相统一，承认差别与注重公平与效益相统一，县乡利益相兼顾等原则，确定适应各地不同情况的乡级财政收支基数，建立和完善促进乡镇增收节支的激励机制，调动乡镇发展、培植财源和自求平衡的积极性。二是推进乡镇机构改革，规范机构设置，让乡镇职能和征收机构、财政管理机构相配套，尽快做到事权、人权、财权相统一，扭转被动局面，创造和谐环境。三是减少达标活动，切忌搞形象工程。对那些贫困落后，财政负担比较严重的乡镇，市县两级应给予支持。
（三）规范财政管理，严格执行预算
一是各乡镇在预算编制上要严格按照零基预算、部门预算的编制方法，本着透明、公开的原则进行详细、具体的编制。“乡财县管”部门应配合乡人大、乡财政部门对各乡镇的预算编制进行严格审查。二是在预算执行过程中，加强管理，严格监督，提高乡镇财政按时足额发放工资。维护基层政权正常运转和社会稳定的保障能力。三是增强支出透明度，实行政务公开。不在预算内的支出必须如实报经乡人大通过才能支出。只有这样才能做到堵塞漏洞，减少支出随意性，严防暗箱操作现象发生。减少腐败、贪污、挪用公款等犯罪发生率，发挥财政支出的效益。
（四）进一步推进乡镇机构改革
一是尽快将那些超编、借调人员全面清退，将机构改革中下岗的“病退、内退”人员交由劳动保障部门管理；二是将乡镇事业单位中的有稳定收入的、有生存能力的差额事业单位和自收自支事业单位逐步推向市场，让他们自食其力、自我发展；三是将一部分直接关系农民健康、农民生计的事业单位（如防疫站、教办室等）和监督、审计部门（如审计站等）的事权和财政上交县级政府；四是根据各乡镇的具体情况将管辖区域小、经济实力较弱的乡镇撤去并入其他乡镇，精减乡镇数量，减少基层班子指数，实行交叉任职，优化资源配置，降低行政运行成本，减少财政开支。
（五）加强乡镇财政、审计、监督等岗位人员培训
（六）建立正确的干部用人机制
要将现行的干部考核政绩型体制变为考核农民纯收入增长型体制。上级部门对乡镇的用人应树立“增收是政绩，经济发展是政绩，消赤字也是政绩”的正确观念。考核干部应以当地农民经济纯收入的高低、当地经济发展水平如何、可持续发展指标、环境保护状况、财政赤字多少等为标准，同时结合干部任职期间廉正情况、基层稳定状况、历年审计情况是否合法，引导乡镇干部任职期间向努力发展经济、提高人均收入的目标努力。
（七）完善财政转移支付制度，加大转移支付力度
有目的性的加大财政支持力度。农村税费改革也具有两面性，在肯定其积极作用的同时，也应该看到改革存在的问题。乡财政收入的锐减，近期的有效办法只有通过加大转移支付的形式向乡镇政府提供行使法定职责的资金保证。目前，中央给予地方农村税费改革的专项补贴，远不能弥补农村税费改革形成的财力缺口。为保证改革的顺利进行，中央应加大财政转移支付的力度。转移支付的力度应与乡镇政府财政需要成正比，与财政收入能力成反比。在转移支付中应坚持透明原则，转移支付资金的分配应该公正合理，杜绝拨款过程中的寻租行为。
（八）强债务管理，逐步化解乡镇政府债务
一方面要防止债务规模进一步扩大。禁止为非生产性支出和基建性项目贷款，杜绝为企业担保贷款，严格控制乡镇财政举债规模。另一方面逐步化解原有债务负担。一是对现在债务全面清理，摸清底数，核实情况，健全账目；而是明确其性质，化定责任，区分情况，分类处置。乡镇债务重不只是乡镇政府的责任，上级政府也有一定的责任。如农村合作基金会借款和“普九达标”欠款等，国家应负责偿还大部分；借用财政周转资金可在上级财政部门认真清理基础上予以部分报销或转增国家资本金；政府担保的历年贷款形成的债务以及世行贷款，要坚持“谁受益、谁还款”的原则，由借款单位或受益人偿还；对因平衡预算或部分支出列暂付款等原因形成的挂帐，可逐年消化，也可由上级财政部门帮助解决。