吉林大学于2000年6月12日由原吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院合并组建而成。2004年8月29日，原中国人民解放军军需大学并入吉林大学。合并前的六所学校，都有着光荣的历史。
原吉林大学，是建国后由中国共产党亲手创建的第一所综合性大学，它的前身是东北行政学院。
抗日战争胜利后，为培养建立巩固的东北革命根据地和迎接新中国诞生所需的革命干部和专业人才，1946年10月5日，中国共产党在东北解放区首府哈尔滨市建立东北行政学院。首任院长由东北行政委员会主席林枫兼任。
1948年5月，东北行政学院与哈尔滨大学合并，改名为东北科学院。哈尔滨大学原是一所私立学校，1949年9月，东北行政委员会接收后改为公立大学，成为我党领导下的一所比较正规的高等学校。
1948年11月，东北科学院南迁至沈阳，复名为东北行政学院。1950年3月，东北行政学院更名为东北人民大学，成为培养财经政法方面专门人才的正规大学。同年6月，学校迁至长春。
1951年8月，著名马克思主义历史学家、东北文教委员会副主任吕振羽来校任校长兼党委书记。
1952年，全国高等学校院系调整，国家从北京大学、清华大学、燕京大学等院校中抽调出一批知名学者，充实学校的师资队伍，加强了学校的实力，东北人民大学成为建国后中国共产党亲手创办的第一所综合性大学。
1955年5月，著名的马克思主义理论家、教育家、社会活动家匡亚明来校任校长兼党委书记。同年9月，匡亚明校长提出了学校要形成和发扬“高度的社会主义政治空气；高度的社会主义学术空气；高度的社会主义文明空气；高度的社会主义体育文娱空气”。这“四种空气”成为鼓舞全校师生员工前进的精神动力。
1958年8月，东北人民大学划归吉林省领导，更名为吉林大学。
1960年，国家正式批准吉林大学为重点综合性大学。
1984年8月，学校成为首批试办研究生院的高校之一。1985年，学校成为国家首批博士后流动站建站单位之一。
1995年9月，学校顺利通过“211工程”部门预审，成为首批进入“211工程”的高校之一。
至2000年6月合校前，历经了50余年发展和建设的吉林大学，为国家培养了大批优秀的高素质人才，取得了许多重大的高水平科研成果，是国家基础科学研究和高层次人才培养的重要基地之一。
原吉林工业大学的前身是长春汽车拖拉机学院。
为适应东北工业发展和长春第一汽车制造厂兴建对专门人才的需要，经国家第一机械工业部和国家高等教育部共同协商一致同意，将华中工学院的汽车及内燃机专业、交通大学和山东工学院的汽车专业调整出来进行合并，在长春成立汽车拖拉机学院。首任院长由第一汽车制造厂厂长饶斌兼任。1955年9月26日，长春汽车拖拉机学院举行开学典礼，正式宣告学院成立。
1958年11月，长春汽车拖拉机学院下放由吉林省领导，更名为吉林工业大学。
1960年，学校被国家批准为全国重点高等院校。
1983年10月，学校第七次党代会提出把学校办成理、工、管相结合的国内一流水平大学的新时期发展目标。
1997年11月，国家正式批准学校“211工程”建设可行性报告，吉林工业大学成为首批进入国家重点建设的高校之一。
1998年9月，学校成为教育部直属院校。
至2000年6月合校前，学校经历了40余年的风雨历程，已发展成为以汽车、农机为优势和特色工、管、理、文相结合的多学科全国重点大学，成为我国汽车工业和机械工业培养高层次人才的重要基地之一。
原白求恩医科大学的前身是晋察冀军区卫生学校。
为适应抗日战争的需要，晋察冀军区卫生部决定在医务训练队基础上筹建卫生学校。国际主义战士、加拿大共产党员、著名的胸外科医师诺尔曼?白求恩直接参与了学校的创建工作。1939年9月18日，晋察冀军区卫生学校在河北省唐县牛眼沟村正式成立。首任校长江一真。
1940年1月，为了学习和纪念白求恩，学校更名为白求恩学校。
1945年10月，学校奉命迁至张家口。1946年6月，白求恩学校与张家口医学院合并，命名为白求恩医科大学。
1948年，学校移驻石家庄，与北方大学医学院合并，命名为中国人民解放军华北医科大学。1949年，学校迁至天津市，与天津陆军总医院合组为天津军医大学。1951年，学校改称中国人民解放军第一军医大学。
1954年2月，第一、第三军医大学合并为中国人民解放军第一军医大学后迁往长春。
1958年6月，第一军医大学移交地方领导，定名为长春医学院。1959年6月，学校更名为吉林医科大学。1978年，恢复白求恩医科大学校名。
1984年10月，学校召开第四届党代会，确定了学校现代化医科大学的发展方向。
至2000年6月合校前，这所创建于抗日烽火中学校，历经了60余年的发展和建设，为国家培养了大批医学人才，造就了许多著名的医学专家，取得了丰硕的科研成果。
原长春科技大学的前身是东北地质专科学校。
新中国建立之初，地质技术干部奇缺。为适应国家大规模经济建设的需要，中国地质工作计划指导委员会决定成立地质专业学校。1951年12月1日，东北地质专科学校正式成立。首任校长由中国科学院副院长李四光兼任。
1952年，全国高等学校院系调整时，以东北地质专科学校为基础，由山东大学地质矿物学系、东北工学院长春分院地质系和物理系的一部分，合并组成东北地质学院。
1957年1月，东北地质学院更名为长春地质勘探学院。1958年12月，更名为长春地质学院。
1979年2月，教育部决定长春地质学院列为全国重点高校。
1984年5月，学院召开第八届党代会，提出了建设以地学为中心，以工为主，理工结合、文理渗透，发展边缘新兴学科的综合性地质大学的发展目标。
1996年12月，长春地质学院更名为长春科技大学。1997年3月，长春地质学校正式并入长春科技大学。
至2000年6月合校前，学校经过近50年的建设和发展，为国家培养了大批矿产资源普查、勘探、开采、保护和综合利用方面的人才，并丰富了我国地球科学的理论研究。
原长春邮电学院的前身是东北邮电学校。
为支援解放战争，加速恢复与建设东北解放区邮电通信，1947年3月10日，东北邮电管理总局根据中央指示，在黑龙江省佳木斯市创建了东北邮电学校。首任校长由东北邮电管理总局局长陈先舟兼任。
1947年冬，学校迁到哈尔滨。1948年10月，又奉命迁至长春。1953年4月，更名为长春邮电学校。1955年4月，改名为邮电部长春电信学校。
1960年4月，邮电部决定在长春电信学校的基础上成立长春邮电学院。
1963年至1973年期间，学校几易校名。1963年9月，复名为长春邮电学校；1969年7月，改名为吉林省邮电学校；1973年3月，再次更名为长春电信学校；1973年7月，复名为长春邮电学校。
1979年1月，长春邮电学校改建为长春邮电学院，实行地方与邮电部双重领导。
1990年10月，学院召开第四次党代会，为学院实施和完善以教学为中心，教科产三结合的办学模式，促进学院各项事业快速发展奠定了思想基础和组织保障。
至2000年6月合校前，这所作为我国东北地区唯一一所信息通信类工科高等学校，为国家培养了一批又一批信息通信类人才。
原中国人民解放军军需大学是由中国人民解放军兽医大学几经改建而来，其办学历史可追溯到清朝末期开办的北洋马医学堂。
甲午战争失败后，清王朝日渐衰落，不得不“变法”立新，兴办洋务，建立学堂。1904年12月1日，北洋马医学堂在河北保定正式成立。1912年，由民国政府接管，改名为陆军兽医学校，后迁至北平。“九?一八”事变后，学校为躲避日机轰炸，几经辗转，于1938年迁至贵州安顺。
1949年秋，学校师生审时度势，拒不执行南京方面搬迁命令，保护学校财产未受损失。11月，安顺解放，学校改组为中国人民解放军西南军区兽医学校。中央军委确定安顺兽医学校员工为起义人员。1951年10月，学校改名为中国人民解放军第二兽医学校。1952年1月，学校由贵州安顺迁至长春。
1953年1月，中国人民解放军第二兽医学校与解放军第一、第三、第四兽医学校合并组建中国人民解放军兽医大学。首任校长由总后兽医局副局长任抟九兼任。
1956年7月，学校移交农垦部，改名为长春畜牧兽医大学。1958年5月，改名为长春农学院。1958年至1959年期间，长春农学院、北安农学院和长春农业机械化专科学校相继并入。1959年6月，改名为吉林农业大学。
1962年1月，学校交还军队，复名为中国人民解放军兽医大学。
1992年8月，学校改建为中国人民解放军农牧大学。
1999年4月，学校改建为中国人民解放军军需大学。
2003年11月，学校移交地方。
至2004年8月并入吉林大学前，学校见证了百年的沧桑岁月，成为了一所以军事兽医教育和军事后勤教育为特色，为国家培养了大批高素质军事后勤人才的高等军事学校。