南京农业大学前身可溯源至1902年三江师范学堂农业博物科和1914年金陵大学农学本科。1952年，全国高校院系调整，由金陵大学农学院和中央大学农学院以及浙江大学农学院部分系科合并成立南京农学院。1963年被确定为全国两所重点农业高校之一。1972年学校搬迁至扬州，与苏北农学院合并成立江苏农学院。1979年迁回南京，恢复南京农学院。1984年更名为南京农业大学。2000年由农业部独立建制划转教育部。
办学历史
1914年，私立金陵大学首设4年制农科，开中国四年制大学高等农业教育之先河，1930年，农科扩展成为金陵大学农学院。新中国成立以后，私立金陵大学农学院改名为公立金陵大学农学院。
1917年，南京高等师范学校首设农科，1928年称中央大学农学院，1949年称南京大学农学院。
1952年，南京大学农学院与金陵大学农学院及浙江大学农学院部分系科合并，成立南京农学院，首任院长为著名小麦遗传育种专家金善宝院士。
1963年，被国务院确定为全国两所重点农业高校之一。
1972年1月，搬迁至扬州，与当时的苏北农学院合并成立江苏农学院。
1979年2月，经国务院批准，南京农学院在原址南京卫岗办学，恢复为南京农学院，并列入农业部所属全国重点大学。
1984年7月，经教育部批准，南京农学院改名为南京农业大学。
1998年12月，南京农业大学正式进入全国“211工程”重点建设的大学行列。
1999年4月，首批通过全国高校本科教学工作优秀评价。
2000年2月，由农业部划转教育部直接管理。
2000年6月，建立研究生院，是全国56所具有研究生院的高校之一。
2007年4月，再次以优秀成绩通过教育部本科教学工作水平评估。
院系设置
截至2014年3月，学校设有农学院、工学院、植物保护学院、资源与环境科学学院、园艺学院、动物科学技术学院、无锡渔业学院、动物医学院、食品科学技术学院、经济管理学院、公共管理学院（含土地管理学院）、人文社会科学学院、生命科学学院、理学院、信息科学技术学院、外国语学院、农村发展学院、金融学院、草业学院、国际教育学院、思想政治理论课教研部等21个学院（部）；设有61个本科专业。
专业设置
学科建设
博士后科研流动站
作物学、植物保护、农业资源利用、园艺学、畜牧学、兽医学、食品科学与工程、公共管理、科学技术史、生物学、水产、农业工程、动物学。
一级学科博硕士授予点
一级学科博士点：应用经济学、生物学、科学技术史、农业工程、食品科学与工程、作物学、园艺学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学、兽医学、水产、农林经济管理、公共管理、草学、生态学。
一级学科硕士点：哲学、理论经济学、社会学、外国语言文学、数学、化学、海洋科学、机械工程、计算机科学与技术、轻工技术与工程、环境科学与工程、林学、中药学、管理科学与工程、工商管理、图书情报与档案管理、风景园林学、应用经济学、生物学、科学技术史、农业工程、食品科学与工程、作物学、园艺学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学、兽医学、水产、农林经济管理、公共管理、草学、生态学。
江苏高校优势学科建设工程
物学、植物保护、农业资源与环境、兽医学、食品科学与工程、农林经济管理、现代园艺科学、农业信息学。
重点学科
国家重点学科
一级学科国家重点学科：作物学、植物保护、农业资源利用、兽医学
二级学科国家重点学科：蔬菜学、农业经济管理、土地资源管理
国家重点(培育)学科：食品科学
省级重点学科
十二五期间一级学科省重点学科：科学技术史、畜牧学、公共管理、生态学、草学
二级学科省重点学科：植物学、微生物学、科学技术史、食品科学、果树学、植物营养学、动物营养与饲料科学、基础兽医学、临床兽医学、土地资源与管理、生物信息学、农村发展、植物检疫与生物安全、农业信息学。
学科评估
在教育部第三轮全国高校学科评估中，南京农业大学共有12个学科参评，6个学科排在前5位，10个学科排在前10位，其中农业资源与环境排在第1位。
师资力量
截至2014年3月，教职员工2700余人，其中：博士生导师340人、中国工程院院士(专职)2名、国家及部级有突出贡献中青年专家39人、“长江学者”和“千人计划”专家10人、教育部创新团队3个、国家教学名师2人，获国家杰出青年科学基金13人，入选国家其它各类人才工程和人才计划100余人次。
教学建设
截至2014年3月，学校建有“国家大学生文化素质教育基地”、“国家理科基础科学研究与教学人才培养基地”、“国家生命科学与技术人才培养基地”和植物生产、动物科学类国家级实验教学中心，是首批通过全国高校本科教学工作优秀评价的大学之一;拥有国家级精品课程26门，国家级特色专业11个。
国家级精品课程
农业经济学、动物繁殖学、汽车拖拉机学、土地利用规划学、美学与大学生艺术修养、土壤学、兽医微生物学、不动产估价、食品微生物学、土壤肥料学通论、饲料学、园艺作物育种学、兽医寄生虫学、作物育种学、生态学、农产品运销学、普通植物病理学、动物生物化学、生物统计与田间实验、农业机械与设施、农业植物病理学、管理学原理、农业昆虫学、植物营养学、土地经济学、植物学。
国家级虚拟仿真实验教学中心
农业生物学虚拟仿真实验教学中心
国家级实验教学示范中心
动物科学类实验教学中心、植物生产国家级实验教学中心。
国家级特色专业
生物科学、农业机械化及其自动化、食品科学与工程、园艺、农业资源与环境、土地资源管理、动物科学、植物保护、农学、动物医学、农林经济管理。
国家级优秀教学团队
农业经济管理课程群教学团队(周应恒)、植物营养学教学团队(沈其荣)、生态学教学团队(胡锋)、植物保护专业教学团队(郑小波)等。
科研成果
2006年至2014年，学校科研经费达25亿元，获得国家及部省级科技成果奖100余项，其中作为第一完成单位获得国家科技进步一等奖1项、二等奖7项、技术发明奖二等奖2项[2];截至2014年3月，学校被ESI收录论文5242篇，被引用36011次。
2013年度主要科技成果获奖情况一览表
科研平台
截至2014年3月，学校建有作物遗传与种质创新国家重点实验室、国家肉品质量安全控制工程技术研究中心、国家信息农业工程技术中心、国家大豆改良中心、农业部综合性实验室、农村土地资源利用与整治国家地方联合工程研究中心、绿色农药创制与应用技术国家地方联合工程研究中心等62个国家及部省级科研平台。
国家（部委）级科研机构
省（市）级科研机构
学术资源
图书馆藏
根据2014年8月图书馆网站显示，学校图书馆有藏书208万册，电子图书65万册，电子西文期刊12000种，电子中文期刊16200种。
学术期刊
《南京农业大学学报(社会科学版)》
《南京农业大学学报》
《南京农业大学学报》为全国中文核心期刊。该刊已被美国《化学文摘》(CA)、英国《国际农业与生物技术文摘》(CABI)、美国《剑桥科学文摘(自然科学)》(CSA)、英国《动物学记录》(ZR)、俄罗斯《文摘杂志》(AJ)、波兰《哥白尼索引》(IC)、日本科学技术振兴机构文献数据库(JST)收录;该刊还呗《中文核心期刊要目总览》(2013年版)、中国科学引文数据库(核心库)(CSCD)、中国科技论文统计源期刊(CJCR)(中国科技核心期刊)、中国科技期刊精品数据库、《中国学术期刊评价研究报告》(RCCSE)核心期刊、中国学术期刊综合评价数据库(CAJCED)、中国期刊全文数据库(CJFD)、中国科学引文索引(CSCI)、《中国学术期刊文摘》(英文版)、《中国生物学文摘》等收录。
《中国农业教育》
《畜牧与兽医》
《畜牧与兽医》是由中国已故著名学者罗清生教授等老一辈科学家于1935年创刊，建国后王栋教授等于1950年复刊，是我国第一本国内外公开发行的畜牧、兽医类综合性科技期刊。现由教育部主管、南京农业大学主办。
该刊设有“试验研究”、“畜牧生产”、“兽医科技”、“疾病防治”、“专题论述”、“文献综述”、“畜牧兽医简报”等6个固定栏目，以及“动物保护”、“专家论坛”等几个不定期栏目。