扬州大学兽医学院（比较医学研究院）具有悠久的办学历史，最早可追朔到1902年由我国爱国实业家张謇创建的通海农学堂，1952年在扬州组建而成苏北农学院畜牧兽医系。追溯历史，已经历了近120年的演变和发展过程，在扬州办学也有近70年。1992年，江苏农学院等驻扬7所院校合并成立了扬州大学，该系更名为扬州大学农学院畜牧兽医系，1994年该系分设成动物科学系和动物医学系，1998年扬州大学依据学科群将动物科学系和动物医学系两系从农学院中划出，组建为扬州大学畜牧兽医学院，2003年12月扬州大学进行机构改革和院系调整，将畜牧兽医学院分设成动物科学与技术学院和兽医学院，扬州大学兽医学院正式成立。扬州大学比较医学研究院于2016年4月成立，挂靠在扬州大学兽医学院。
学院现有教职工153人，其中专任教师113人。在专任教师中，有中国工程院院士1人,国家千人1人,国家“杰青”获得者3人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选3人，教授41人、副教授33人，博士生导师45人、硕士生导师118人。有1人被评为“全国模范教师”，2人获“国家级有突出贡献的中青年专家”称号，3人享受政府特殊津贴，青年教师中有教育部青年骨干教师、江苏省“333工程”培养对象、江苏省特聘教授、江苏省优秀青年骨干教师、江苏省“青蓝工程”学术带头人、江苏省优秀青年科技工作者等。
学院现有在校生1406人，其中全日制博士研究生154人，全日制硕士研究生540人，在站博士后45名，本科生712人。近年来，毕业生就业率均在100％。学院培养的毕业生分布在全国各地及美国、加拿大、英国、德国、瑞典、荷兰、爱尔兰、挪威、澳大利亚、日本、韩国、尼日利亚、孟加拉、坦桑尼亚等国家。多年来，学院为江苏省乃至全国培养了一大批动物医学专业的高层次专业技术人才，毕业生中有中国工程院院士、国家级有突出贡献的中青年专家、教授、学者，有全国优秀教师、先进工作者，有业绩突出的优秀中青年企业家和省、市、县的党政领导人，他们在各自的岗位上取得了显著的成绩，成为我国兽医行业的中坚力量。
学院设动物医学、动植物检疫和实验动物学等三个本科专业，面向江苏省及全国多个省市招生。动物医学专业2005年被确定为江苏省第一批品牌专业，2007年被教育部确定为全国高等学校特色专业建设点、兽医人才培养模式创新实验区。2009年动物医学实验教学中心被确定为江苏省实验教学示范中心建设点并于2012年通过验收，2012年被确定为江苏省“十二五”高等学校重点专业，2014年获批教育部、农业部卓越农林人才培养计划试点项目（拔尖创新型），2015入选江苏高校品牌专业建设工程一期项目。2019年动物医学专业入选国家一流专业建设点。长期以来，动物医学及动植物检疫专业以国家级、省级重点学科为依托，建有完整的国家级、省级和校级精品课程体系，拥有一支高水平师资队伍，取得了一批重要的教学科研成果，《动物传染病学》、《兽医微生物学》两门课程被评为国家精品课程、国家精品课程共享课，并入选国家一流课程。动物医学专业、兽医人才培养模式创新实验区被列为教育部“质量工程”建设项目。
学院坚持走“产学研”相结合的道路。学院附设扬州大学动物医院、江苏省实验动物种子供应站和江苏省转基因动物制药工程研究中心等教学、科研及成果转化基地。长期以来，我院始终坚持教学与生产相结合，理论与实践相结合，科研开发与服务社会相结合。自已故方定一教授在国际上第一个发现并分离出“小鹅瘟病毒”（比匈牙利早6年），研制成疫苗在全国推广应用之后；又先后发现“兔瘟和鹅副粘病毒病”、“重组新城疫病毒（A-Ⅶ株）灭活疫苗”等，并研制成疫苗在生产实际中推广使用，取得了很好的社会效益和经济效益。近几年来学院有多项成果获得新兽药证书。
多年来，学院以“建一流学科，育一流人才，出一流成果，办一流学院”为己任，不断转变教育思想，更新教育观念，提升办学层次，提高人才质量，为实施“科教兴国”战略，振兴祖国的兽医事业，作出了巨大的贡献。