与上一年度的前10名相比较，清华大学研究生院、北京大学研究生院、浙江大学研究生院继续以明显的优势领先全国其他大学，清华、北大、浙大已经连续五年保持前三名。上海交通大学与上海第二医科大学合并后，新上海交通大学研究生院上升到第4名。复旦大学研究生院由第4名下降到第5名，南京大学研究生院由第5名下降到第6名，华中科技大学研究生院保持第7名不变，中山大学研究生院由第10名上升到第8名，武汉大学研究生院由第8名下跌到第9名，中国科学技术大学研究生院进入前10名，吉林大学研究生院跌出前10名。
中国现有52所普通高校设有研究生院，《2006中国大学研究生院评价》的评价范围含不设研究生院的各大学研究生部、研究生处、研究生培养办公室、研究生学院等，共计466所大学(不含党校、军校、第十批硕士点单位)。此次《中国大学评价》课题组发表的《2006中国大学研究生院评价》，包括各大学研究生院综合实力排名、自然科学排名、社会科学排名；以及理学、工学、农学、医学、哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、管理学共11个学科门的排名；80个研究生一级学科、371个研究生二级学科(含部分大学自设的目录外二级学科)的排名。综合排名反映各大学研究生院的综合实力，学科排名反映研究生院各个学科的实力。全部评价结果见武书连主编、中国统计出版社出版的《挑大学选专业-2007考研择校指南》。
在教育部颁布的学科目录中，学科门(也称学科门类)是最高父系统。学科门共有12个：哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学。在研究生学科目录中，学科门下设一级学科，共有80个(不含军事学)；一级学科下设二级学科，共有368个(指研究生学科目录内的二级学科且不含军事学)。
自2000年开始，以武书连为组长的《中国大学评价》课题组每年发表中国大学研究生院年度评价。《2006中国大学研究生院评价》是该课题组的第7份年度评价报告。武书连认为，相对于综合实力的对比，研究生院各个学科实力的对比更重要，因为一般情况下，考生报考的是研究生二级学科，社会录用的也是研究生的二级学科，研究生二级学科通常也称为研究生专业。
兽医学一级学科的学科代码是0906，下设3个二级学科。
下表是兽医学一级学科有博士学位授予权的大学的3个二级学科B+及其以上等级的学校排名。
2006中国大学研究生院兽医学3个二级学科排名
1、基础兽医学排名学科代码：090601
排名
校名
等级
二级学科
一级学科
学科门
1
吉林大学
A++
090601基础兽医学
090600兽医学
09农学
2
东北农业大学
3
南京农业大学
A+
4
中国农业大学
A
5
华南农业大学
6
扬州大学
西北农林科技大学
B+
甘肃农业大学
内蒙古农业大学
华中农业大学
山东农业大学
2、预防兽医学排名学科代码：090602
090602预防兽医学
7
河南农业大学
浙江大学
3、临床兽医学排名学科代码：090603
090603临床兽医学
山西农业大学
四川农业大学
二级学科排名使用名次加等级的方式排列；B+级及其以下相同等级排名不分先后。等级共分11个：A++级、A+级、A级、B+级、B级、C+级、C级、D+级、D级、E+级、E级。更高的级别意味着更高的学术水平。
对中国大学及其各个学科、专业进行评价是十分困难的工作，特别是对研究生二级学科的排名至今只有《中国大学评价》课题组一家完成。所有排名和等级仅供参考。《中国大学评价》课题组欢迎各方面来电来函提出批评建议，欢迎同行质疑、商榷、补充、指正。
有关中国大学研究生院的具体排名情况和各大学各学科的排名、等级，见武书连主编、中国统计出版社出版的《挑大学选专业――2007考研择校指南》