在畜禽养殖业中，生猪污染量大，且生猪养殖量大、场/户数量较多；另外，我国畜禽规模化比重较低，小规模及分散养殖场仍占有相当大的比例，一部分外地流动生猪养殖户仍采用泔水饲养。这类群体本身环保意识较差，同时争取不到粪污治理有关的项目，部分还不具备农牧利用条件，因此粪污治理成为难点。
1.2畜禽养殖布局无规划
畜牧业的发展存在历史遗留共性，即布局不合理，缺乏规划。从目前的畜禽养殖布局情况来看，养殖点的建设呈随意、散在分布，且早期发展起来的畜禽养殖场还多建于禁养区或限养区，早期因片面考虑畜牧业发展，很多养殖场的新建、改建、扩建不受任何条件的约束和限制，没有考虑到畜禽养殖规划、动物防疫条件、污染治理以畜禽养殖业规模设计等问题，因此造成污染治理成本高、难度大等一系列问题。
1.3畜禽养殖场污染防治积极性不高
一是近几年畜禽养殖成本（饲料、人力）逐年升高，受市场价格周期性波动和疫病冲击影响很大，畜禽养殖已成微利行业；二是很多小规模畜禽养殖场实力较弱,抗风险能力较差,在价格低迷时甚至面临生存危机，因此仅靠养殖场很难顾及或承担起畜禽养殖污染问题；三是治污设施投入大且运行成本高。很多养殖场存在投不起、或投得起运行不起的尴尬局面；四是受政府财力制约,污染防治的专项资金又很难以做到“普惠制”,养殖场仍需自筹资金建设或长期配套粪污设施运行费用。
1.4畜禽养殖污染监管难度大
畜禽养殖污染具有面广量大（多分布于农村）、瞬时性强（持续动态过程）、构成复杂（种类多、规模不一）等特点，仅仅依赖于目前的监管队伍很难达到治理效果。加上畜禽养殖行业已成微利行业，且从事人员多为农民弱势群体，即使环保部门做出处罚和整改要求，很多养殖场仍无力或不愿意投资建设污染防治设施。因此，仅仅依靠行政强制手段，难以实现对养殖污染的有效监管和控制。
1.5畜禽污染防治技术或模式有待进一步探索
在畜禽养殖污染防治方面，由环保部牵头出台了许多标准和规范性文本，如《畜禽养殖业污染物排放标准（GB18596-2001）》《畜禽养殖业污染治理工程技术规范（HJ497－2009）》等，明确了畜禽养殖污染物的排放标准以及养殖场粪污处理技术工艺等，但仍然缺乏实用性强、运行成本低、处理效果好、适用范围广的畜禽养殖污染防治技术或模式。
而根据各级粪污治理项目来看，粪污处理设施建设多以沼气工程、三分离一净化、发酵床为主要内容，但都存在局限性，不能彻底解决粪污问题。如沼气工程缺乏后处理，有利于农作物生长的沼液和改善土壤的沼渣若利用不当会严重污染农田和土壤，且大多养殖场重建轻管，设施运行易发故障；净化设备需24h运行,耗电大，运行成本高；发酵床占地面积大，不适宜土地紧张的苏南地区等。同时，污染防治设施的建设和运行成本让多数养殖场无力承担，“达标排放”模式不但很难解决畜牧业环境污染问题，还会对畜禽粪便资源造成浪费。