研究所拥有生态学一级学科博士点，畜牧学一级学科硕士点，环境工程二级学科工程硕士点。每年自主招收博士研究生20名左右，硕士研究生25名左右。
畜牧学学科简介（培养硕士研究生）
畜牧学学科在遵循传统动物营养学经典实验原理基础上，将动物营养学研究方法与现代分子生物学技术相结合，研究饲料养分在畜禽体内的消化、吸收、周转和排泄规律，为畜禽养殖提供科学平衡高效饲料配制技术，改善畜禽健康并促进其高效生产；探讨畜禽体内微生态环境和物质代谢的调控机理，建立高品质、低残留、低排放的集约型畜禽健康养殖技术体系，获取动物性产品的最高产量及最优品质，并产生良好的公共卫生效益和生态环境效益；建立亚热带典型区域稳定的草地畜牧业生态系统及养殖技术体系，形成不同类型区农牧复合型草食畜牧业生产模式。该学科与企业结合紧密，在科研成果转化方面探索了一条成功的道路。该学科下设2个研究方向：
研究方向一：单胃动物营养及分子生物学。单胃动物营养及分子生物学。该研究方向将现代动物营养学的研究方法与现代分子生物学技术相结合，研究单胃动物的生理营养、分子营养及其生态营养调控技术。主要研究内容是：①在消化道和组织代谢层次研究饲料中氨基酸、单糖、生理活性物质和中间代谢产物的消化、吸收与周转规律；②现代集约化养殖业排泄物中富营养物和污染物对生态环境的影响及对策；③天然药用植物中营养活性调节物的提取及其作用机理；④现代集约化养殖业的高效安全生态营养调控饲料配制技术。其特色是率先开展动物生理营养和分子营养以及集约化养殖对生态环境的影响研究。该研究方向的主要任务是依托动物营养周转规律与生态调控技术等创新研究领域所取得的研究成果，为建立符合中国国情的高效、安全的生态畜牧业生产体系提供技术支撑。
该研究方向建立了酶解酪蛋白超滤、高精氨酸胍基化测定技术，完善了猪回-直肠吻合与十二指肠“T”型瘘管结合活动尼龙袋测定技术，解决了传统无氮日粮法测定内源性氨基酸（氮）排泄量的缺陷；在国际上首次建立了准确测定猪内源磷排泄量的一元回归和多元回归模型，突破了内源磷测定的技术瓶颈；建立了猪、羊肝门静脉、颈动脉、回肠肠系膜静脉血管插管技术和肝门静脉超声波血流量计安装技术，将动物营养学研究从消化道层次拓展到组织器官层次；建立了评定饲料营养物质消化率的透析管体外评价方法，改进了反刍动物体外发酵评定装置，提高了测定精度；构建了一套完整的畜禽氮磷代谢及其安全型饲料数据库及配方技术。
招生导师：印遇龙研究员、姚康研究员、孔祥峰研究员、李凤娜研究员、熊霞研究员、刘红南研究员。
研究方向二：反刍动物生态营养。该研究方向将动物营养学、生理学、生物化学与分子生物学等领域的前沿技术与手段有机交叉，研究反刍动物的营养代谢途径与调控技术、草地生产力稳定性维持机制及养殖环境安全与优化控制技术。主要研究内容是：①在消化道、组织、细胞和分子层次研究反刍动物关键营养素及中间代谢产物的代谢途径及其调控技术；②亚热带区域人工和自然草地生态系统结构优化及稳定性维持机制；③现代农牧复合型草食畜牧业高效安全营养调控饲料配制与环境控制技术。其主要任务是重点创新反刍动物生态营养代谢研究方法与手段，研究关键营养要素在反刍动物养殖系统内的周转规律，为反刍动物营养生态调控技术的创新与发展及其产业化奠定理论基础，为建立我国生态高值草食畜牧业产业体系提供技术支撑。
该研究方向形成了以减少草食家畜温室气体、环境富营养物（氮磷）过量排放和维持瘤胃健康稳衡为目的的生态环保型饲料配制技术体系。使用该技术体系，可大幅度提高肉牛和肉羊生产性能及其产品品质，提升原料奶质量。近年来，该方向逐步形成了广泛的国际合作网络，通过为发展中国家培养博士后和吸纳访问学者建立了与非洲和东南亚国家的合作研究渠道；通过自主设置国际合作项目和主动参与国际合作项目与欧、美、加、澳等国家建立了长期稳定的合作框架。
招生导师：谭支良研究员、贺志雄研究员、周传社研究员、王敏研究员。